En janvier 2000, la compagnie Scandinavian Airlines (SAS) a été la première compagnie à exploiter commercialement le Q400. Un appareil à Aalborg, le 9 septembre 2007, et un autre, dérouté sur Vilnius le 12 septembre 2007, ont effectué des atterrissages d'urgences suite à une défaillance de verrouillage du train d'atterrissage principal.
Suite à ces deux incidents la SAS a temporairement suspendu l'exploitation de ses Q400. Elle a procédé à une inspection complète des trains d'atterrissages, et au remplacement systématique d'une pièce vraisemblablement affectée par la corrosion. Les appareils ont été remis en service progressivement à partir du 3 octobre 2007. SAS a également affirmé être en discussion avec Bombardier pour des compensations financières suite à l'interruption de l'exploitation commerciale de l'appareil.
Le 27 octobre 2007, un Q400 de la SAS est contraint, suite à un dysfonctionnement du train d'atterrissage principal, à effectuer un atterrissage d'urgence à Copenhague. Ce troisième incident était cependant différent des deux précédents, car dû à un joint mal placé.
Le lendemain, la SAS a annoncé sa décision d'arrêter l'exploitation de sa flotte de Q400, constituée de 27 avions au total et contribuant selon elle à environ 5% du trafic passager de la compagnie. Elle a affirmé que le Dash 8-Q400 avait provoqué des problèmes répétés « liés à la qualité », et que ces incidents provoquaient des retards sur les lignes où cet appareil était exploité.
Le train d'atterrissage principal du Dash 8-Q400 est fabriqué par la compagnie américaine Goodrich, et son installation est réalisée par Bombardier. Suite aux problèmes rencontrés par SAS, ces deux constructeurs ont réagi en initiant des procédures de vérification, qui ont toutefois confirmé la fiabilité de ces équipements.
Le 15 novembre 2007, SAS réclamait une compensation de 78,3 millions $US à Bombardier en raison du coût lié aux deux premiers incidents. Les enquêtes tendent cependant à mettre en cause l'entretien des appareils effectué par SAS, et non leur conception. En 2008, SAS est la seule compagnie à avoir cessé d'exploiter le Q400. 23 autres compagnies continuent en effet à l'utiliser quotidiennement avec succès et sans problème notable, ce qui remet en cause la maintenance des appareils de SAS.
En mars 2008, SAS a conclu un accord avec Bombardier comprenant à la fois une compensation financière et une commande de nouveaux avions dont 14 Q400 équipés d'un train d'atterrissage modifié (NextGen).
Bombardier a comme projet l'entrée en service d'un nouveau Q400 vers 2013 ou 2014, le Q400X. Celui-ci serait une version allongée de 114 pouces du Q400 original, ce qui lui permettra d'accueillir jusqu'à 100 passagers. Pour sa propulsion, un dérivé du PW 150 de 5 000 chevaux serait considéré par Pratt & Whitney Canada.
Un Dash-8 Q400 de la Colgan Air, pour Continental Airlines, s'écrasa dans la zone urbaine de Buffalo, aux États-Unis, dans la nuit du 12 au 13 février 2009 alors qu'il n'était qu'à environ sept kilomètres de l'aéroport. Il y a eu 50 victimes au total : 45 passagers, quatre membres d'équipage et un au sol. On a d'abord soupçonné la formation de givre sur les ailes comme la cause de l'écrasement. Cependant, une étude des boîtes noires et des registres de formation des pilotes chez Colgan Air a conduit à soupçonner une erreur humaine. En effet, la réaction du pilote à l'avertissement de givre semble avoir été l'inverse de celle recommandée. Le Conseil national de la sécurité des transports (NTSB) américain et des spécialistes de Bombardier Aéronautique mènent toujours l'enquête sur les causes de l'écrasement.