La RATP est un établissement public possédant une gouvernance originale avec la règle dite des « trois tiers » qui régit son conseil d’administration : un tiers de représentants de l’État, un tiers de représentants des salariés, un tiers enfin de « personnalités qualifiées », dont deux parlementaires et deux représentants des associations d’usagers.
La RATP étant une entreprise publique, son président est nommé par le chef du gouvernement. Le président actuel de la régie est Pierre Mongin. Il a été nommé à sa tête le 2 juillet 2006 par Dominique de Villepin dont il était le directeur de cabinet. C'est sa première expérience à la tête d'une entreprise et dans l'industrie du transport.
L'un des principaux axes de la stratégie de la RATP est l'innovation technique. Aujourd’hui, la technicité et l’expertise de la RATP dans le domaine de la technologie ferroviaire et de la sécurité des transports sont ainsi reconnues dans le monde entier. La « pneumatisation » du métro dans les années 1950, l'ouverture de la ligne 14, l'une des premières lignes de métro automatiques au monde ou l'automatisation de la ligne 1, très fréquentée et sans interruption prolongée de service, sont autant de vitrines du savoir-faire technologique de la RATP, que la régie compte bien exporter.
Les projets de la région Île-de-France en matière de transport sont, pour la RATP, un gage de croissance à venir de par l'activité qu'ils généreront. Elle s'intéresse donc directement aux projets d’investissements futurs de la région et bien que la RATP ne décide pas des infrastructures, elle en finance généralement une partie qui est portée à sa dette. Elle représente donc une importante force de proposition pour les pouvoirs publics.
L'une des premières initiatives de Pierre Mongin lors de son arrivée à la tête de la régie en 2006 a été de lancer l'idée de « Métrophérique ». Reprenant et actualisant ce qui était à l'époque connu sous le nom d'« Orbitale », Métrophérique présentait l'idée d'un métro qui circulerait autour de Paris, situé à deux ou trois kilomètres du périphérique et disposant d'une station tous les kilomètres, reliant les autres modes de transport, notamment les terminus de métro.
Jean-Paul Huchon, alors président du STIF (Syndicat des transports d'Île-de-France) et de la région Île-de-France, a aussitôt jugé que ce projet n'était « pas mûr », estimant notamment que le coût avancé par Pierre Mongin était « sous-évalué ». Il ira même jusqu'à qualifier Métrophérique de « métro féerique »
C'était sans compter sur les élus de la région parisienne, et notamment les élus du Val-de-Marne qui, enthousiasmés par l'idée du métro circulaire traversant leurs communes proposé par Pierre Mongin, ont fait pression sur le chef de la région, aboutissant à l'ajout d'un projet similaire, nommé Arc Express dans le schéma directeur de l'Île-de-France.
Depuis plusieurs années, la RATP s'évertue à développer des outils permettant aux voyageurs franciliens de participer à l’amélioration des transports en commun sur des thèmes proposés par la RATP. C'est ainsi que la RATP a mis en ligne en mai 2007, le site informatique « vous-et-la-ratp.net », dans le cadre de la préparation de son plan d’entreprise 2008/2012. Sur ce site les utilisateurs sont invités à proposer des idées d'amélioration, puis à voter, parmi les idées retenues, pour celles qu'ils préfèrent, sur le modèle du site digg.
Plus récemment, la RATP a mis en ligne un autre site intitulé « La Fabrique RATP », sur lequel les internautes peuvent s'inscrire à des animations proposées par la RATP comme des visites de PCC où à des programmes de test d'innovations que la RATP s'apprête à lancer.
La RATP a engagé en 2007 une grande campagne de communication autour de son nouveau slogan « Aimer la ville ». À l'occasion de cette campagne, elle a diffusé à partir du 25 mars 2008 un film publicitaire sur les écrans de télévision, ce qu'elle n'avait pas fait depuis 13 ans. Le film, crée par Euro RSCG C&O et réalisé par l’américain Dante Ariola, avait pour but de faire connaître la RATP au-delà de son territoire historique que constitue l’Île-de-France. Le film d’une durée de 45 secondes, suivait le parcours dans les transports parisiens d’un personnage virtuel, projeté dans le monde réel.