Les rochers ont été découverts le 20 avril 1511 par une flotte de six caravelles portugaises sous le commandement de Garcia de Noronha lors du naufrage d’un de ses navires.
Le matin du 16 février 1832, les rochers furent visités par Charles Darwin dans la première partie de son voyage autour du monde sur le HMS Beagle. En 1942, l’archipel fut constitué en territoire brésilien directement dépendant du ministère de la Guerre (le Brésil était alors en guerre contre l’Axe), et la constitution de 1988 l’intégra à l’État du Pernambouc.
Au début des années 1960, l’archipel servit de lieu d’immersion et de retour à la surface du sous-marin nucléaire américain USS Triton lors de la première circumnavigation réalisée entièrement en plongée.
Le 1er juin 2009, la tragédie du vol 447 d’Air France s’est produite sans doute à proximité de ces rochers. L’Airbus A330 de la compagnie française assurait la liaison entre Rio de Janeiro et Paris et sa destruction a entraîné la mort des 228 personnes à bord, constituant la plus grande catastrophe de l’histoire aérienne française.