Au cours d'une mission de routine à bord du Prométhée, un vaisseau non identifié ouvre le feu sans préavis sur le vaisseau terrien. Privé d'hyperpropulsion, l'équipage du Prométhée n'a d'autre choix que de quitter le vaisseau alors que Carter reste inconsciente pendant l'évacuation. Cependant, le nuage dans lequel le vaisseau a arrêté sa course semble être à l'origine de nombreux faits mystérieux.
Alors que Daniel est prisonnier des rebelles honduriens, Carter, Jacob et Teal'c découvrent l'origine des supers soldats et y mettent un terme avant de quitter Tartarus. Pendant ce temps, O'Neill porte secours à Daniel.
Osiris s'immisce dans les rêves de Daniel dans le but de lui faire trouver où se situe la cité perdue des Anciens. Cependant, SG-1 découvre la supercherie et élabore un plan afin de piéger Osiris et l'ôter de Sarah Gardner.
Lorsque les Kelowniens découvrent un important gisement de Naquadria, la joie de cette découverte est rapidement occultée par le fait qu'elle serait également à l'origine d'une réaction en chaîne aboutissant à la destruction de Kelowna si le processus de conversion du Naquada en Naquadria n'est pas stoppé au plus vite. Jonas est envoyé sur Terre afin de solliciter l'aide du SGC.
Une équipe de journalistes est chargée de réaliser un documentaire sur le projet Porte des Étoiles mais elle est très loin d'être bien accueillie par le SGC.
Alors que Samantha Carter et son père sont en train de finaliser l'arme censée neutraliser les supersoldats d'Anubis, le site Alpha est attaqué par les Goa'ulds.
SG-1 est envoyé porter secours aux survivants. A leur arrivée, l'équipe s'aperçoit que le site a été rasé, sans doute par le processus d'auto-destruction de la base. Daniel retourne au SGC tandis que Teal'c et O'Neill partent à la recherche de Carter.
Après avoir trouvé une douzaine de survivants - quelques Jaffas, quelques Tau'ri et quelques Tok'ra - SG-1 retrouve Jacob, qui a la jambe brisée. Jacob a en sa possession l'arme anti-supersoldats, mais c'est Sam qui a la batterie et le cristal contenant les plans de l'arme et toutes les recherches sur la Source de Vie.
Pendant ce temps, l'un des supersoldats continue à poursuivre Sam inlassablement. Blessée, elle est obligée de se cacher pour survivre...