Le cratère lunaire Kovalevskaya et l'astéroïde 1859-Kovalevskaya sont ainsi nommés en son honneur.
Le Prix Sofia Kovalevskaïa de la Fondation Alexander von Humboldt qui honore les femmes de sciences de pays en développement. Il a été fondé par Neal et Ann Hibner Koblitz ; celle-ci étant l'auteur d'une biographie de Sofia Kovalevskaïa, voir ci-dessous.