RER
Le Transilien Paris Lyon gère une partie de la ligne D du RER entre Gare de Lyon et les 2 branches de la banlieue Sud Est, Melun et Malesherbes.
Dessertes Transilien Paris-Lyon
Transilien R
Depuis la mise en place du cadencement le 14 décembre 2008, la ligne R bénéficie de codes missions en fonction de la desserte effectuée. Cependant, le système d'affichage présent dans les gares de la ligne ne présente jamais cette information, à l'exception de Melun qui est la seule gare équipée du système Infogare. Les annonces et les affichages reprennent donc les numéros des trains plutôt que les codes missions.
- PIMA : Toutes gares desservies de Montargis à Moret-Veneux Les Sablons, Fontainebleau-Avon, Melun puis Paris-Gare de Lyon
- PIME : Au départ de Montargis, desservira Souppes-Château Landon, Nemours-Saint Pierre, Moret-Veneux-Les-Sablons, Fontainebleau-Avon, Melun puis Paris-Gare de Lyon
- PIMU : Toutes gares desservies de Montargis à Moret-Veneux Les Sablons, Fontainebleau-Avon, Melun puis direct Paris-Gare de Lyon excepté Ferrières-Fontenay et Dordives
- POMA : Toutes gares desservies de Montereau à Melun puis direct Paris-Gare de Lyon
- GEMU : Au départ de Paris-Gare de Lyon, desservira Melun, Forêt de Fontainbleau, Fontainebleau-Avon, toutes les gares de Moret-Veneux Les Sablons à Montargis excepté Dordives et Ferrières-Fontenay
- GIME : Au départ de Paris-Gare de Lyon, desservira Melun, Fontainebleau-Avon, Moret-Veneux Les Sablons, Nemours-Saint Pierre, Souppes-Château Landon et Montargis
- GIMO : Au départ de Paris-Gare de Lyon, desservira Melun, Fontainebleau-Avon, toutes les gares de Moret-Veneux Les Sablons à Montargis
- GIMU : Au départ de Paris-Gare de Lyon, desservira Melun, Fontainebleau-Avon, toutes les gares de Moret-Veneux Les Sablons à Montargis excepté Dordives et Ferrières-Fontenay
- KAMO : Au départ de Paris-Gare de Lyon, desservira toutes les gares de Melun à Montereau
Branche Melun - Montereau via Héricy
- KOHO : Toutes gares desservies de Melun à Montereau via Héricy
- ZOHA : Toutes gares desservies de Montereau à Melun via Héricy