D'après le décret du 24 décembre 1852.
Dans les premières années de la Restauration, le nom de l'Université tend à disparaître en raison de son origine impériale. Le conseil de l'Université prend le nom de Commission d'instruction publique (1815-1820) puis de Conseil royal de l'instruction publique (1820-1822). Et si le titre de grand-maître est supprimé, le président de cette commission fait figure de grand-maître.
Cette dernière dénomination est d'ailleurs rétablie en 1822. La création d'un ministère des Affaires ecclésiastiques et de l'Instruction publique ne remet pas en cause l'Université, mais les fonctions de ministre de l'Instruction publique et de grand-maître sont confondues à partir de 1828.
Pendant les années qui suivent, et notamment sous la monarchie de Juillet, l'Université symbolise l'enseignement public, centralisé et jugé par ses détracteurs comme pas assez catholique (bien qu'il ne soit pas proprement laïque), par opposition à l'enseignement privé, notamment confessionnel. Les partisans de la liberté d'enseignement se montrent les adversaires de l'Université.
Ces derniers obtiennent partiellement satisfaction sous les deux régimes royaux, mais remportent une forme de victoire au moment de la Deuxième République, avec deux changements importants en 1850. La Loi Falloux (texte), promulguée le 15 mars, accorde une part importante à la liberté d'enseignement (sauf pour le supérieur) et tend à décentraliser l'enseignement, afin d'affaiblir l'enseignement public : « Ce n'est pas l'Université multipliée par 86, c'est l'Université divisée par 86 » La loi ne cite d'ailleurs guère l'Université qu'au passé, et substitue le nom de Conseil supérieur de l'instruction publique à celui de Conseil de l'Université. Quant à la loi de finances pour 1851, elle opère le transfert des biens de l'Université à l'État, ce qui tend à supprimer l'Université sans toutefois le déclarer officiellement.
Avec l'arrivée du Second Empire, l'expression d'Université réapparaît pour mettre en avant le lien entre l'Empire de Napoléon III et celui de son prédécesseur. Toutefois, l'expression utilisée est plus souvent Université de France (et non impériale).
Cependant, la Troisième République contribue fortement au déclin du terme, quand la loi du 10 juillet 1896 (dite loi Louis Liard) attribue la personnalité juridique aux « corps de facultés » constitués dans chaque académie par la loi du 28 avril 1893, et leur donne le nom d'universités.
Dès lors qu'il existe une université dans chaque académie, le terme d'« Université de France » comme un ensemble unifié n'a plus guère de sens. L'expression subsiste néanmoins, notamment dans le décret no 48-1108 du 10 juillet 1948 portant classement hiérarchique des personnels civils et militaires de l'État, où il existait une rubrique « Université de France ».