Tout comme le casoar, l'autruche, le nandou, l'émeu et le kiwi, l'aepyornis était un ratite ; il ne pouvait pas voler et ne possédait pas de bréchet à l'inverse des autres oiseaux. Comme Madagascar et l'Afrique se sont séparés avant l'apparition des ratites, on pense que les aepyornis se sont dispersés et sont devenus géants et aptères in situ. Un passage terrestre entre le Gondwana et Madagascar était probablement disponible pour leurs ancêtres il y a environ 85 millions d'années.
On ne sait pas avec certitude si les aepyornis étaient adaptés aux forêts denses comme les casoars actuels. Cependant, certains fruits forestiers à noyaux durs auraient pu être adaptés au passage dans le système digestif d'un ratite.
Quelques témoignages, notamment par l'amiral Etienne de Flacourt, gouverneur de Madagascar au 17ème siècle, pourraient prouver que les aepyornis ont survécu plus longtemps qu'on ne le pense et peut-être même jusqu'à nos jours. Selon Etienne de Flacourt, les aepyornis auraient encore été présents dans le sud de l'île en 1658. D'après le témoignage d'un colon recueilli en 1924 par M.Humbert, botaniste à la faculté des sciences d'Alger, une femme indigène prétendait qu'un oiseau géant fut tué en 1890 par les gens du roi des Manikoros (nord de Tuléar), dans un marais à la suite d'un cyclone.