L'ordre bénédictin traverse une crise dès le XIIe siècle. Les fidèles se détournent des monastères anciens, leur préférant les fondations cisterciennes puis franciscaines ou dominicaines. L'abbaye de Lyre connaît sûrement ce déclin.
La Guerre de Cent Ans accélère cette tendance. À deux reprises au moins, le monastère de Lyre est pillé par les Navarrais (vers 1359 et vers 1365). En 1419, la Normandie passe sous occupation anglaise. Dans les années 1430, un nouvel abbé, Guillaume Le Bas, est imposé à Lyre. Il semble que les moines le refusent parce qu'il est favorable aux Anglais. En 1440, l'abbé ne peut prendre possession de son abbaye qu'avec l'aide de soldats. En 1449, les Anglais sont chassés par le roi de France Charles VII. Guillaume le Bas se soumet mais subit toujours la fronde de ses moines. Il doit abandonner son monastère en 1463.
S'ouvre une nouvelle période : celle des abbés commendataires. Le roi nomme à la tête des abbayes ses fidèles pour les récompenser de leur service. Ces abbés, tous de hauts personnages, ne résident pas en général dans l'abbaye, délaissent l'administration à l'un de leurs vicaires et se contentent de toucher une part importante des revenus de l'établissement. Dans la première moitié du XVIe siècle, Jean le Veneur est par exemple abbé commendataire de Lyre. Cardinal, évêque de Lisieux, il possède, outre Lyre, six abbayes dont celles du Mont-Saint-Michel et du Bec. Les revenus abbatiaux reviennent en priorité à l'abbé alors que parallèlement le monastère manque d'argent pour financer la réparation de ses bâtiments.
Un sursaut intervient en 1646, avec l'introduction par l'évêque d'Évreux et abbé Jacques II Le Noël du Perron de la réforme de Saint-Maur. De nouveaux moines s'installent à côté des anciens. Ils s'opposent à leur prédécesseurs par la stricte observance de la règle bénédictine et par leur goût pour les travaux scientifiques et généraux. À partir de la fin du XVIIe siècle, les Mauristes entreprennent la reconstruction de presque tous les bâtiments claustraux. Toutefois, le faible nombre de religieux (ils ne sont plus que sept en 1698 montre que l'établissement n'a plus du tout l'attractivité qu'il avait au Moyen Âge.
Le roi continue à nommer des abbés commendataires à Lyre. Au XVIIIe siècle, deux d'entre eux sont évêques de Strasbourg et appartiennent à la prestigieuse maison de Rohan. Vers 1759, l'abbaye se dote d'un nouveau dortoir. Son aspect (une longue aile en brique à un étage) nous est connu grâce aux plans d'un moine, dom Miserey.
Abbés réguliers.
Abbés comendataires jusqu’à la réforme de Saint-Maur.
Abbés commendataires de la réforme de Saint-Maur à la Révolution.