Actuellement, l'aéroport est desservi par la gare d'Entzheim-Aéroport, située juste en face de l'aérogare, et reliée à l'aéroport par une passerelle piétonne. Les trains ter Alsace régionaux sont cadencés au quart d'heure. Le tarif standard pour Strasbourg est de 2.10€.
Jusqu'en Décembre 2008, l'aéroport était desservi par la Navette aéroport. Pour 5,70€, la navette effectuait la liaison entre l'aéroport et la station Baggersee du tramway de Strasbourg. Cette navette a été supprimé à la mise en place du cadencement sur la ligne Strasbourg - Molsheim.