L'aéroport international de San Diego a été élu 3 ème meilleur aéroport mondial dans la catégorie 15 à 25 millions de passagers par le Conseil international des aéroports en 2008.
Compagnies aériennes
Terminal 1
Terminal 1 Est (portes 1-10)
Southwest Airlines (Albuquerque, Austin, Baltimore, Chicago-Midway, Denver, El Paso, Houston-Hobby, Kansas City, Las Vegas, Nashville, Oakland, Phoenix, Reno/Tahoe, Sacramento, Salt Lake City, San Antonio, San Francisco, San José (CA), Tucson)
Terminal 1 Ouest (portes 11-19)
Air Canada Jazz (Calgary, Vancouver)
Alaska Airlines (Portland (OR), Los Cabos, Seattle/Tacoma)
United Airlines (Chicago-O'Hare, Denver, San Francisco, Washington-Dulles)
Terminal 2
Aeroméxico (Los Cabos, Mexico)
Aeroméxico Connect (Loreto, Mexico)
AirTran Airways (Atlanta, Milwaukee)
Allegiant Air (Bellingham)
American Airlines (Boston, Chicago-O'Hare, Dallas/Fort Worth, New York-JFK, St. Louis)
Continental Airlines (Houston, Newark)
Delta Air Lines (Atlanta, Cincinnati/Northern Kentucky, Detroit, Honolulu [dès le 3 juin], Memphis, Minneapolis/St. Paul, New York-JFK, Salt Lake City)
Delta Connection opéré par SkyWest Airlines (Los Angeles, Salt Lake City)
Frontier Airlines (Denver)
Hawaiian Airlines (Honolulu)
JetBlue Airways (Boston, New York-JFK, Salt Lake City, Seattle/Tacoma)
Sun Country Airlines (Minneapolis/St. Paul)
US Airways (Charlotte, Las Vegas, Philadelphie, Phoenix)
US Airways Express opéré par Mesa Airlines (Phoenix)
Virgin America (San Francisco)
WestJet (Calgary [saisonnier])
Commuter Terminal
American Eagle (Los Angeles, San José (CA))
United Express opéré par SkyWest Airlines (Los Angeles)
Cargo
BAX Global, Capital Cargo International Airlines, DHL, FedEx, UPS