Bactériologie médicale - Définition

Expectorations

Examen bactériologique le plus décevant et le plus difficile

• Dans de nombreux cas, on ne trouve rien au point de vue bactériologique ou bien on trouve un germe n'ayant pas de signification. S'il y a réellement une infection pulmonaire, on peut envisager que l'agent responsable est :
  • un virus,
  • un mycoplasme
  • un germe profond qu'on ne parvient pas à mettre en évidence
• Comme les expectorations passent par la bouche, on retrouve souvent des contaminations buccales. La présence d'un germe peut avoir une signification toute différente selon qu'il se trouve dans la bouche ou dans le tractus pulmonaire. Exemple typique : le Pseudomonas aeruginosa (pyocyanique) est normal dans la bouche (il provient de la nourriture) mais anormal dans le tractus respiratoire.

Urines

[[Média: A) L'aspect]] qualitatif joue un rôle très important surtout que maintenant on évite le prélèvement des urines par sondage. Pour les urines, il existe en effet 3 modes de prélèvement:

• sondage : pas de contamination mais risque important d'infections iatrogènes. D'où ce mode de prélèvement est de plus en plus déconseillé.
• ponction sus-pubienne : méthode excellente mais elle reste une méthode d'exception
• urines émises à la miction après nettoyage soigneux des organes génitaux : c'est la méthode la plus utilisée cependant les germes de souillure sont souvent identiques aux germes retrouvés. D'où il faut recourir à la numération pour interpréter la présence du germe identifié.

La règle de Kass est valable à condition de ne pas l'appliquer sans nuance :

• moins de 10 000 germes/ml : non pathologique
• 10 000 - 100 000 germes/ml : discutable
• plus de 100 000 germes/ml : infection ou menace d'infection urinaire

B) Nature des germes

1) Germes intestinaux

Entérobactéries - entérocoques - streptocoque B = germes d'origine basse responsables d'infections ascendantes (cystite puis pyélite).

2) Germes d'origine hématogène

Ex. Staphylocoques responsables d'infection descendante.

3) Germes opportunistes chez des opérés, des personnes porteuses d'une sonde à demeure...

Ex. Pseudomonas et occasionnellement d'autres germes non fermentants.

4) Une pyurie doit toujours nous forcer à admettre qu'il y a infection. Si, lors d'une pyurie, on ne retrouve pas de germe après l'examen bactériologique normal, il faut absolument faire une recherche de bk par la coloration de Ziehl même si le clinicien ne le demande pas : on peut ainsi détecter une tuberculose rénale.

C) Schéma d'examen bactériologique des urines en routine

1) Examen direct sur urine non centrifugée

Cet examen donne une appréciation quantitative et permet de voir si le germe est gram + ou gram -. Attention : dans l'urine, les gram - se décolorent mal surtout s'il y a trop d'urines → gram effectué à partir d'une anse et non d'une pipette.

2) Mise en culture

Il s'agit d'un schéma choisi parmi d'autres. Doù ce n'est pas le seul valable.

a) Gélose lactosée au pourpre de bromocrésol (BCP).

Le BCP est un des seuls milieux ne contenant pas de NaCl. D'où on bénéficie d'une inhibition relative du proteus pour ne pas avoir un envahissement de la gélose par ce germe. Le bromocrésol permet de faire la distinction entre germes lactose + ou lactose - (cela oriente déjà un petit peu pour les entérobactéries. L'ensemencement se fait de manière quantitative par le procédé Dip-slide intéressanr pour le médecin généraliste : il s'agit d'un flacon contenant une lame porte-objet dont les 2 faces sont recouvertes de milieux de culture gélosés différents : l'un est sélectif, l'autre pas. Ce procédé évite le transport de l'échantillon et préserve la notion quantitative.

b) Milieu de Mac Conkey (MC)

Le MC est un milieu sélectif laissant pousser uniquement les gram - : colonies rouges = lactose + ; colonies incolores = lactose - ; à partir de chaque type de colonies, on réalisera une galerie d'identification.

c) Antibiogramme direct

L'urine est un des rares produits se prêtant bien à un antibiogramme direct. De plus, l'antibiogramme constitue un milieu supplémentaire et il peut apporter quelques renseignements pour l'identification. (p. ex. un germe lactose - résistant aux tétracyclines, à la colimycine et à la furadantine est un proteus ; un germe lactose +, muqueux, résistant à l'ampicilline est une klebsiella.

Pour l'ensemencement, il faut se baser sur l'examen direct :

• si l'urine est claire et ne montre que quelques germe à l'examen direct, on ne fera pas d'antibiogramme direct
• il faut un ensemencement + ou - standardisé : on dilue au moins une fois par nombre de germes vus par champ à l'examen direct (grossissement = 100). Ainsi, si 50 g./champ, on diluera l'urine 50 ou même 100 fois.