Pseudomonas - Définition
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Introduction
| Pseudomonas | |||||||||
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| Classification | |||||||||
| Règne | Bacteria | ||||||||
| Division | Proteobacteria | ||||||||
| Classe | Gammaproteobacteria | ||||||||
| Ordre | Pseudomonadales | ||||||||
| Famille | Pseudomonadaceae | ||||||||
| Genre | |||||||||
| Pseudomonas Migula, 1894 | |||||||||
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Les bactéries du genre Pseudomonas peuvent être définies par :
- Bacilles à Gram négatif, oxydase + ;
- Aérobies stricts (Respiration nitrate chez certaines espèces) ;
- Dégradant le glucose par respiration aérobie ou inerte vis-à-vis du glucose. Ils n'attaquent pas les sucres ou les attaquent par voie oxydative et non fermentative ;
- Généralement mobiles par ciliature polaire (monotriche ou lophotriche);
- Peu exigeantes, cultivant à 30 °C ;
- Indole - ;
- Asporulés ;
- Colonies souvent pigmentées
Ce genre comprend plus d'une centaine d'espèces ubiquitaires (dont l'espèce-type est Pseudomonas aeruginosa généralement dénommé Bacille pyocyanique) cependant de nombreuses espèces sont en cours d'exclusion (de par les progrès de la phylogénétique) et réduire leur nombre à une soixantaine d'espèces.
Habitat
Ces bactéries, largement répandues dans l'environnement, vivent dans le sol et l'eau. Elles se retrouvent sur les plantes, dans les matières organiques non vivantes (denrées alimentaires), entraînant, parfois, leur altération organoleptique.
Elles se rencontrent chez l'homme ou l'animal, au niveau des fosses nasales. Elles constituent, pour la plupart, une flore commensale. Certaines jouent un rôle pathogène :
- Chez les plantes (quelques espèces, dont Pseudomonas syringae, dont une souche tue de jeunes marronniers par milliers depuis le début des années 2000)
- Chez l'homme et l'animal (avec principalement Pseudomonas aeruginosa )
Elles occupent des niches écologiques variées, mais se retrouvent plus particulièrement dans les milieux humides tels que les eaux douces, les eaux de mer, les eaux thermales. Elles se retrouvent en plus petite quantité dans les eaux riches en matières organiques (en particulier les eaux stagnantes) conséquence de la compétition entre microorganismes où les Pseudomonas ne sont pas les plus performants.
Dans les habitations humaines, elles se retrouvent dans les siphons d'évier et les réservoirs d'eaux de pluie qui, lorsque qu'elles sont utilisées pour l'arrosage des plantes, peuvent provoquer des maladies sur les plantes en particulier les fleurs (pour les espèces phytopathogènes).
Caractères bactériologiques
Morphologie microscopique
Aspect : Les Pseudomonas sont des bacilles Gram négatifs fins droits et très mobiles grâce à un flagelle polaire : ciliature monotriche, dépourvus de spores et de capsules.
Groupement : Ils apparaissent la plupart du temps isolés ou en diplobacilles.
Caractères de culture
Conditions de culture
Les Pseudomonas sont des germes peu exigeants, l'immense majorité des espèces n'exigent aucun facteur de croissance et sont capables d'utiliser comme seule source de carbone et d'énergie un large spectre de substrats carbonés simples et variés.
Ils se développent sur tous les milieux usuels, même les plus simples. Ils sont alcalinophiles.
Il possèdent aussi une grande tolérance dans les gammes de température environnante, bien qu'ayant une température optimale de croissance située entre 30 et 35 °C (mésophile), elles sont capables de pousser à des températures entre 4 et 42 °C en ralentissant leur métabolisme. Leur croissance n'est donc pas totalement entravée par les locaux réfrigérés et les incubateurs.
Elle résistent à de nombreux inhibiteurs bactériens, particulièrement aux agents chimiques. Elles continuent leur développement des certaines solutions antiseptiques (notamment le cétrimide) et sont résistantes à de nombreux antibiotiques.
Milieux de cultures utilisés
- Milieux non sélectifs
- Gélose ordinaire
- Gélose BCP
- Eau peptonée
- Milieux sélectifs
- Gélose cétrimide
- Milieu de King A
- Milieu de King B
Caractères biochimiques
| Gen | Espèce | Subtype / Obs. | Oxydase | 42° thérmophile | 4° cryophile | KingF (pour Fluoresceine = Pyoverdine) | KingP (pour Pyocyanine) | Pigment | Poly-Beta-Hydroxy-Butyrate | Mobilité | ADH = L-Arginin DeHydrogenase | NO3 Nitrate réductase > Nitrites(rouge) | Gélatinase = Collagénase | Amylose = Amidon Hydrolase | Lécithinase sur Jaune d'œuf (Réaction au) | Lipase = Tween80 hydrolyse | NO2 > N2 | Cathécol ortho-clivage | Procathénuate ortho-clivage | Procathénuate méta-clivage | Lévane (méta-clivage) production à partir du sucrose | D-Glucose assimilation | D-Tréhalose assimilation | Sucrose assimilation | Propionate assimilation | Butyrate assimilation | D-Sorbitol assimilation | Adonitol assimilation | Méso-Inositol assimilation | Géraniol assimilation | L-Valine assimilation | D-Alanine assimilation | L-Arginine assimilation | Arginina | Bila-Esculin Hydrolyse = (beta-glucosidase) | Citrate (de Simmons) | Citrate trisodique assimilation | D-Glucose fermentation | D-Glucose assimilation |
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| Pseudomonas | sp | 0,99 | 0,9 | -0,68 | -1 | -1 | -1 | -0,86 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | aeruginosa | 0,97 | 0,9 | -1 | 0,9 | 0,9 | pyomélanine = brun noir ou acajou; pyorubine = aeruginosine A=rouge de nature phénazinique | -1 | 0,94 | 0,7 | 0,92 | 0,84 | -0,9 | -0,9 | 0,1 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,98 | -1 | -1 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | -1 | -0,9 | 0,9 | 0,1 | 0,9 | 0,9 | -0,98 | 0,98 | -0,38 | 0,98 | |||
| Pseudomonas | fluorescens | I | 0,99 | -1 | 0,98 | 0,9 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 1 | 0,35 | -0,46 | 0,4 | -0,9 | 0,9 | 0,1 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,98 | 1 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,01 | 0,01 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,98 | 0,98 | -0,75 | 0,98 | ||
| Pseudomonas | putida | 0,98 | -1 | 0,7 | 0,7 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 1 | 0,76 | -0,94 | -1 | -0,9 | -0,9 | 0,2 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | -1 | -0,6 | 0,9 | 0,9 | -0,7 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -1 | 0,98 | -0,8 | 0,9 | |||
| Pseudomonas | agarici | sans intérêt médical, phytopato | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | alcaligenes | sans intérêt médical | 0,97 | 0,9 | -1 | -0,9 | -0,9 | jaune-orange (caroténoïde) | -0,9 | 0,9 | 0,2 | 0,7 | -0,01 | -0,9 | -0,9 | 0,2 | 0,9 | -0,9 | -0,8 | -1 | 0,9 | 0,2 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,2 | 0,9 | -1 | 0,2 | -1 | -0,8 | |||||||
| Pseudomonas | amygdali | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | anguiliseptica | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | asplenii | sans intérêt médical, phytopato | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | balearica | 0,99 | 0,9 | -0,48 | 0,9 | -0,98 | -1 | 1 | -1 | 1 | 1 | 1 | 0,5 | ||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | caricapapayae | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | -0,48 | 0,9 | -0,98 | -1 | 1 | 1 | 1 | -1 | 1 | 1 | 1 | 0,5 | |||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | chlororaphis | sans intérêt médical | 0,99 | -1 | 0,7 | 0,2 | -0,9 | chlororaphine (pigm phénazinique) verte = réduite et jaune = oxydée | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 1 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | |||||
| Pseudomonas | cichorii | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | citronellolis | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | coronafaciens | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | corrugata | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | ficuserectae | sans intérêt médical, phytopato | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | flavescens | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | fragi | sans intérêt médical, sur viande avariée | 0,99 | 0,9 | -0,9 | -1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | fuscovaginae | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | lundunensi | sans intérêt médical, psychrotrophe isolé du viande | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | marginalis | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | meliae | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | mendocina | col pigm brun-jaune = pigment caroténoïde intracellulaire | 0,99 | 0,9 | -1 | -0,9 | -0,9 | jaune-orange (caroténoïde) | -0,9 | 0,9 | 0,88 | 1 | -1 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | -1 | 0,9 | 0,9 | -1 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -1 | 1 | -0,01 | 0,9 | ||||||
| Pseudomonas | mucidolens | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | oleovorans | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | stutzeri | ubiquitaire | 0,99 | 0,9 | -1 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | -0,98 | 0,88 | -0,21 | -0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,96 | -1 | 0,2 | 0,9 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | -1 | 0,7 | 0,21 | 0,96 | |||||
| Pseudomonas | pseudoalcaligenes | 0,99 | 0,9 | -1 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,2 | 0,9 | 0,7 | 0,2 | 0,2 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | -0,9 | -0,9 | -1 | 0,9 | 0,9 | 0,2 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,2 | 0,9 | -1 | -0,9 | ||||||||||
| Pseudomonas | resinovorans | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | savastanoi | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | 1 | -1 | 1 | -1 | 0,44 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | stanieri | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | rhodesiae | dans les eaux minérales | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | jessenii | dans les eaux minérales | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | mandelii | dans les eaux minérales | 0,99 | 0,9 | -0,48 | -0,9 | -0,98 | -1 | 1 | 1 | -1 | -1 | 1 | 1 | 1 | 0,5 | |||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | gessardii | dans les eaux minérales | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | migulaï | dans les eaux minérales | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | libanensis | dans les eaux de source libanaises | 0,99 | 0,9 | 0,3 | -1 | 1 | 1 | -1 | -1 | -1 | 1 | |||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | cedrella | dans les eaux de source libanaises | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | orientalis | dans les eaux de source libanaises | 0,99 | 0,9 | -0,9 | 1 | 1 | -1 | -1 | 1 | 1 | -1 | |||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | syringae | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | avellanae | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | -0,48 | 0,9 | -0,98 | -1 | -1 | 1 | 1 | -1 | 1 | 1 | 1 | 0,5 | |||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | taetrolens | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | tolaasii | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | viridiflava | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | aureofaciens | sans intérêt médical | 0,99 | -1 | 0,7 | 0,9 | -0,9 | orange = phénazine-1-carboxylate | -0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,48 | 0,9 | -0,98 | 0,2 | 0,2 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,2 | 0 | 0,2 | 1 | -0,5 | -1 | -1 | 1 | -1 | 1 | 0,01 | 1 | 0,5 | 0,2 | ||||
| Pseudomonas | sacharophila | sans intérêt médical | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | veronii | dans les eaux minérales | 0,99 | 0,9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | tomato | 0,99 | 0,9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | glycinea | 0,99 | 0,9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | phaseolicola | 0,99 | 0,9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Pseudomonas | fluorescens | II | 0,99 | -1 | 0,98 | 0,1 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,46 | 0,6 | -0,9 | 0,3 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 1 | 0,9 | 0,9 | 0,1 | 1 | -1 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,98 | 0,98 | -0,75 | 0,9 | ||
| Pseudomonas | fluorescens | III | 0,99 | -1 | 0,98 | 0,9 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,46 | -0,22 | -0,9 | 0,9 | 0,1 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | 1 | -0,9 | 0,1 | 0,1 | 0,1 | 0,1 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,98 | 0,98 | -0,75 | 0,9 | ||
| Pseudomonas | fluorescens | IV | 0,99 | -1 | 0,98 | 0,9 | -0,9 | -, 9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,46 | 0,9 | -0,89 | 0,9 | 0,1 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | 1 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | -0,9 | 1 | 1 | 1 | -0,98 | 0,98 | -0,75 | 0,9 | ||
| Pseudomonas | fluorescens | V | 0,99 | -1 | 0,5 | 0,1 | -0,9 | -, 9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,46 | 0,9 | -0,9 | 0,1 | 0,1 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,98 | 1 | 0,1 | 0,9 | 0,1 | 0,1 | 0,2 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | -0,9 | 0,9 | -0,98 | 0,98 | -0,75 | 0,98 | ||
| Pseudomonas | monteilli | 0,99 | -1 | -0,9 | 0,9 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | -0,9 | 0,9 | -1 | -0,9 | 0,9 | 0,9 | -0,9 | -1 | 0,9 | 0,9 | 0,9 | 1 | 0,9 | |||||||||||
Métabolisme
Toutes les espèces possèdent une oxydase.
La dégradation du glucose s'effectue par la voie d'Entner-Doudoroff, cette propriété est mise en évidence sur milieu Hugh-Leifson. Ils possèdent fréquemment une arginine dihydrolase permettant la dégradation de l'arginine en anaérobiose.
Certaines espèces peuvent extraire l'oxygène libéré par la réduction des nitrates en azote, et ainsi croître en anaérobiose ; on parle alors de "Respiration nitrate".
Production de pigments
De nombreux représentants de ce genre produisent un pigment. Citons ceux utilisés pour l'identification :
- La pyocyanine, pigment bleu - vert phénazinique, il est soluble dans le chloroforme et l'eau et est spécifique de P. aeruginosa.
- La pyoverdine, vert fluorescent, soluble dans l'eau synthétisé par les Pseudomonas du groupe fluorescent.
