Les collections de la BNU, particulièrement riches, sont évaluées désormais à plus de trois millions de documents et la positionnent comme la deuxième bibliothèque de France en termes numériques et la première de l'Enseignement supérieur et de la Recherche. Au côté de l'imprimé, la bibliothèque possède des fonds patrimoniaux remarquables :
La reconstitution des fonds à partir de 1871-72 a, bien évidemment, sensiblement orientée leur nature et continue d'orienter actuellement, peu ou proue, les acquisitions onéreuses contemporaines. En 1918, plus de 60 % des documents étaient en langue allemande (sur 1,1 millions d'ouvrages à l'époque). Aujourd'hui, la bibliothèque est la première bibliothèque de sciences humaines et sociales en France et la première pourvoyeuse du prêt entre bibliothèques en France dans ce domaine. L'établissement a maintenu ses axes de développement documentaire et peut s'enorgueillir aujourd'hui d'être pôle d'excellence pour les sciences religieuses et l'aire culturelle germanique : ce titre lui est reconnu puisque la bibliothèque est à la fois pôle associé de la Bibliothèque nationale de France et CADIST pour ces deux domaines. Si le régime particulier de l'Alsace-Moselle peut expliquer qu'au XXIe siècle ce soit une bibliothèque strasbourgeoise qui assume les responsabilités documentaires concernant les sciences religieuses, il ne faut néanmoins pas négliger, pour comprendre l'apparition de ce pôle d'excellence français, la démarche universitaire allemande de la fin du XIXe siècle qui tendait à encourager fortement les études en théologie et en civilisation. Aux côtés des sciences religieuses et de l'aire culturelle germanique, la BNU est porteuse de pôles documentaires d'exception : l'Alsace, les questions européennes, les arts, l'Antiquité. Attributaire du dépôt légal imprimeur pour les documents imprimés dans la région Alsace, la BNU a vocation à rassembler la documentation la plus exhaustive sur la région. Cette source d'acquisitions contribue clairement à maintenir le caractère encyclopédique des collections modernes. Les Alsatiques sont un élément non négligeables de l'identité de cet établissement, conservatoire de la mémoire de l'écrit du pays rhénan. Le dépôt légal est aussi une opportunité pour la bibliothèque de poursuivre l'enrichissement d'une vaste collection iconographique, complétée grâce à plusieurs achats et dons au cours des trente dernières années.
Au point de vue numérique, les acquisitions annuelles toutes origines confondues correspondent à 25 000 documents soit environ 1,25 km linéaires. L'accroissement naturel des collections est bien sûr pris en compte dans le projet BNU Nouvelle puisque des espaces sont réservés à cet effet dans le bâtiment 9 rue Fischart.
La BNU est encore à ce jour organisée par le décret no 92-45 du 15 janvier 1992. Elle a une mission à la fois internationale, nationale et régionale.
Un conseil d'administration prend les décisions les plus importantes de la bibliothèque, notamment en matière de politique documentaire, de budget, de contrats et de règlement intérieur.
Présidé par le recteur de l'académie de Strasbourg, chancelier des Universités d'Alsace (actuellement Mme Claire Lovisi), il comprend des membres de droit, des membres élus, des personnalités qualifiées et des représentants des usagers. Les membres de droit sont, outre le recteur, le responsable des bibliothèques universitaires au ministère chargé de l'enseignement supérieur, un inspecteur général des bibliothèques, le président de l'université de Strasbourg, le maire de Strasbourg, les présidents du conseil régional d'Alsace, du conseil général du Bas-Rhin et du conseil général du Haut-Rhin, qui peuvent se faire représenter, et un représentant du chapitre Saint-Thomas. Les membres élus sont des enseignants-chercheurs de l'université de Strasbourg et six représentants du personnel, trois pour le personnel scientifique, trois pour le personnel technique et administratif. Les représentants des usagers sont choisis au sein des associations culturelles locales. Siègent en outre au conseil d'administration avec voix consultative l'administrateur de la BNU, l'agent comptable, le représentant du contrôle général économique et financier, les directeurs de départements (s'ils ne figurent pas dans les membres élus) et le directeur de la BU de l'université de Strasbourg.
La direction de la BNU est confiée à un administrateur, choisi parmi les conservateurs des bibliothèques. Il s'agit actuellement d’Albert Poirot, conservateur général et ancien inspecteur général des bibliothèques.
Le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche exerce la tutelle de l'établissement.
Précédemment organisée autour de cinq départements, la BNU est désormais divisée en quatre directions, dont la liste est fixée par l'arrêté du 28 septembre 2006 :
À ces directions s'ajoutent trois missions sous l'autorité immédiate de l'administrateur :
Le projet d'établissement 2004-2008 prévoit de renforcer les collections pluridisciplinaires de sciences humaines et sociales ainsi que la vocation patrimoniale de l'établissement. Des coopérations sont également prévues avec les bibliothèques de la Communauté urbaine de Strasbourg.