Le site est desservi par les lignes B, C et E du tramway de Strasbourg, arrêt République.
L'État prépare depuis 2003 en étroite collaboration avec les collectivités territoriales un important projet de restructuration de la bibliothèque. Si l'ensemble des travaux a été estimé, à l'origine, à 50 millions, le montant total des dépenses s'élève désormais, pour le seul bâtiment de la place de la République, à 61 millions d'euros. L'État assure la plus grande part des financements puisqu'il apporte 40,5 millions. Les collectivités territoriales s'engagent au côté de l'État et participent largement à ce projet en assurant de sensibles contributions, chacune apportant 6,8 millions d'euros. C'est ainsi qu'au côté de l'État, la Région Alsace, le Conseil général du Bas-Rhin et la Communauté urbaine de Strasbourg sont une nouvelle fois partenaires de la BNU.
Le concours lancé pour la restructuration des espaces intérieurs a été remporté par l'agence Nicolas Michelin ; son projet prévoit la démolition partielle des structures internes du bâtiment (planchers entre autres). L'objectif est de retrouver certains espaces tels qu'ils étaient initialement lors de la construction du bâtiment. De la sorte, le projet doit aboutir à replacer au cœur du bâtiment l'espace sous la coupole et de retrouver la lumière zénitale qui se diffusera à tous les plateaux grâce à l'évidement de certains murs. Des mètres carrés seront gagnés sur les cours intérieures afin d'accroître le nombre de place disponibles (de 500 à 660), le nombre d'ouvrages en libre accès (de 35 000 à 200 000) et de dédier spécifiquement certains espaces à la vie culturelle (salle d'exposition de 500 m2, auditorium de 140 places).
Les déménagements des 44 km linéaires du bâtiment République seront organisés autour de trois emplacements : la bibliothèque municipale de la rue Kuhn (une convention a été signée avec la ville de Strasbourg à cet effet) pour quelques 5 km linéaires, le bâtiment dit Cardosi, situé rue Fischart et racheté aux archives départementales, pour près de 20 km et un troisième emplacement se trouvant à Entzheim où plus de 30 km linéaires seront installés. L'achat du bâtiment rue Fischart permettra à la BNU à terme de s'agrandir et de disposer de davantage de km linéaires et de parvenir à assurer un accroissement des collections optimal (de 56 km linéaires disponibles aujourd'hui la BNU passera à 81 km linéaires en 2014). Le projet de restructuration est à présent bien engagé. La fermeture du bâtiment République est prévue pour le 1er octobre 2010. Les travaux s'étendront sur trois années, la réouverture étant fixée au tout début de l'année 2014. Au regard de l'avancée du projet, il est possible d'affirmer que les délais, bien que courts, seront tenus. Si la partie emblématique de la BNU n'est plus ouverte au public, les services ne continueront pas moins à être assurés pleinement et les documents restent tous consultables par les usagers, universitaires ou non. De la même manière, la BNU poursuivra sa politique d'action culturelle et assurera, hors les murs, expositions, conférences et activités en lien avec les collectivités et les associations étudiantes.