La dictature du Commandement Central sur Cardassia remonte à des âges oubliés des Cardassiens eux-mêmes, bien que ce n'ait pas toujours été ainsi. Les origines du très Orwellien Commandement Central sont obscures, mais il semble qu'il soit né par réaction à la décadence de l'ancienne société cardassienne. Corrigeant l'anarchie qui suivit le manque de ressources provoqué par la chute de l'ancien ordre, le Commandement Central installa une discipline de fer et mit en place des appareils de surveillance à intervalles réguliers dans toutes les villes cardassiennes. Les grands murs écrans observés sur Cardassia Prime sont également l'œuvre du Commandement Central. Maintenir les lois du Commandement Central demandant une surveillance constante, l'Ordre obsidien fut probablement créé à cette époque dans ce but (bien que, vers la fin de l'ère du Commandement Central, l'Ordre obsidien semblait plutôt donner des ordres qu'en recevoir).
Cette époque fut aussi celle de l'expansion de l'Union Cardassienne dans le Quadrant Alpha. Les deux événements les plus marquants de cette époque furent la brève mais violente guerre entre la Fédération et l'Union Cardassienne, résultant en un accord de paix fragile et la création de la Zone Démilitarisée (voir le Maquis), et l'invasion de Bajor, petite planète neutre aux confins de la Zone Démilitarisée.
Un troisième conflit, avec l'Empire klingon cette fois, survint peu avant les Guerres du Dominion. Sous prétexte que le nouveau gouvernement civil cardassien avait été infiltré par un Fondateur, le Chancelier de l'Empire Gowron coordonna une invasion de l'espace cardassien. L'invasion, et la guerre qui s'ensuivit, furent condamnées par la Fédération et les autres puissances du Quadrant Alpha, mais ne cessèrent pas pour autant. Bien qu'encore forte, l'Union était déstabilisée par une suite de coups d'états et perdit beaucoup - en termes de planètes, de ressources, d'hommes et de prestige - aux mains des Klingons. Cet état de faits précipita l'assimilation de l'Union Cardassienne dans le Dominion, qui faisait des avances au Commandement Central depuis un long moment.
Suite aux événements racontés dans la série Star Trek: Deep Space Nine, le Dominion signa un armistice avec la Fédération, l'Empire Stellaire Romulien et l'Empire klingon, reconnaissant une défaite totale et l'abandon de toute possession dans le Quadrant Alpha. Les Cardassiens, récemment libérés après une insurrection généralisée contre le Dominion, se retrouvèrent sans Commandement Central, avec une infrastructure dévastée, des pertes monumentales en ressources, en territoire et une démographie changée par la perte de plusieurs centaines de millions d'hommes.