L’école, citée dans la Convention collective nationale de travail des journalistes, s'est adaptée aux évolutions techniques du monde des médias. En 1984, elle a créé la première formation pour journaliste reporter d'images (JRI) et en 2000, la première formation française au journalisme multimédia.
La responsabilité pédagogique des différentes spécialisations (« journalistes reporters d'images », « rédacteurs de télévision », « radio », « multimédia ») est assurée par des journalistes en activité. La responsabilité de la spécialisation presse écrite est traditionnellement dévolue au directeur du CFJ.
Début 2010, les frais d'inscription sont de 3 500 euros par année universitaire (1 200 euros pour les boursiers en 2009).
Depuis 2007, le CFJ dispose de deux filières d'enseignement :
En outre, une filière dénommée « Sportcom » a été créée en 1987 en partenariat avec l'Institut national du sport et de l'éducation physique. Ce cycle d'études de trois ans destiné à des sportifs de haut niveau inscrits sur la liste du ministère de la Jeunesse et des Sports a été homologué en 1995 programme au niveau III par l'État français.
Depuis 2003, une bourse Julien Prunet (ancien élève du CFJ décédé en 2002) permet aux personnes ayant un profil « atypique » d'entrer directement dans l'école.