L’œuvre scientifique de Lavéran est consignée dans plus de six cents publications.
En 1875, paraît le « Traité des Maladies et des Epidémies des Armées », suivi en 1879, en collaboration avec Joseph Tessier de Lyon (1851-1926), le " Nouveaux Eléments de Pathologie et de Clinique Médicale en deux volumes".
En 1884, il publie le « Traité des fièvres palustres » qui constitue la première édition de son « Traité du paludisme », paru en 1897 : ces publications constituent l’œuvre magistrale de Lavéran.