Il y établit une garnison et Montjean devint pour les ligueurs une forte place à proximité de Laval et qui tint aussi longtemps que Craon. Y furent-ils d'une manière continue.
Une note des registres de Vitré affirme que les Anglais y étaient en 1593. On sait que les bandes anglaises ne séjournèrent à Montjean que le 29 et le 30 avril 1593, et rien ne prouve que ce fut au château.
A une époque indécise, entre 1592 et 1595, les administrateurs de l'hôpital de Laval envoient des confitures seiches au capitaine de Montjean qui estant du parti contraire voulait retenir les fruits de la Rousselière. Avant 1594, cette phrase indiquerait que les huguenots étaient au château ; depuis la reddition de Laval au roi, elle signifierait que les liguers, au contraire, tenaient la place. L'abbé Angot regarde cette supposition comme la plus vraisemblable.
La place tenait encore pour les royaux contre les Ligueurs en 1591. A cette époque, Henri IV avait confié la garde de ces puissantes murailles au vieux Jean de Criquebœuf, chevalier de ses ordres.
Le château de Montjean fut le théâtre d'un drame où le rôle de Pierre Le Cornu
Le capitaine de Craon n'avait pas l'intention de se borner à une razzia sur les meubles et provisions du château.
Quoiqu'il n'ait pas été démantelé systématiquement après les guerres civiles, le château, trop considérable pour être entretenu et de plus en plus délaissé, tomba bientôt en ruines. Jusqu'au milieu du XVIIe siècle on y trouve encore un capitaine et un concierge. Il y avait aussi des armes et une petite poudrière, qui sauta et tua un homme en 1636. Les châtelains continuèrent plus longtemps leurs fonctions, mais c'étaient de simples fermiers. Le comte de Laval faisait prendre des pierres dans ces vieux murs pour la réparation de ses domaines, et les particuliers, le sieur des Vaux de Dureil spécialement, ne se faisaient pas faute de l'imiter, 1743. En 1779, la ruine était consommée.
Mais le moulin qui pouvait moudre 120 boisseaux de Laval en 24 h, l'étang dont le revenue est estimé 240 livres, la métairie (1 400 livres), la Quarterie (500 livres), la Daguerie (650 livres), la Gourtière (180 livres) avec le Tertre et ses dépendances (1 1145 livres) formaient un beau domaine.
La chapelle construite en dehors de l'enceinte, grande, ayant plusieurs autels était dédiée à Sainte Anne, et avait été dotée du lieu du Verger en Ruillé-le-Gravelais avant le XVIe siècle. En 1604, il n'en restait que de vieilles murailles abattues et rasées jusques en terre avec apparence d'un autel, mais après sa conversion, Henri de la Trémoïlle la fit rétablir, et en 1666, le bénéfice fut uni au chapitre de Thouars. Il en fut de même de la chapelle de la Bélue, qui se desservit aussi au château.