On ne connait pas à ce jour de mesure efficace pour contrôler la maladie dans la nature et chez les populations sauvages. Elle s'est diffusée très rapidement et continue à se propager. Le commerce et le tourisme international, les transfert locaux d'organismes ou d'eau (ré-empoissonnement, plantes aquatiques, escargots, tourisme nautique...) d’un plan d’eau à l’autre est à proscrire.
Certaines bactéries symbiotiques de la peau des amphibiens semblent augmenter la protection de certains d'entre eux face aux spores du champignon, mais cette piste n'a pas débouché sur des solutions permettant de lutter contre cette maladie.
Les premiers cas rapportés d'infection de Batrachochytrium . Comme cette espèce a été très largement répandue à travers le monde, elle a pu être un des vecteurs potentiel de la transmission du B. dendrobatidis. D'autres études, cependant, suggèrent que B. dendrobatidis est présent en Amérique Centrale et en Amérique du Nord depuis des décennies.[citation nécessaire]
Elle est mal connue. Des disparition de populations entières ont été constatées dans le monde entier, mais généralement sans qu'on ait fait des analyses précises des causes du phénomène.
À l'occasion de certaines baisses de population attribuées au champignon B. dendrobatidis, on a trouvé des espèces ou groupes d'individus résistant à l'infection. Quelques populations peuvent survivre avec un faible niveau de persistance de la maladie.
La plupart des études en laboratoire ne rendent pas compte de la complexité des phénomènes en jeu dans les écosystèmes, ce qui rend délicate l'application de leurs conclusions sur le terrain.
Des études en laboratoire suggèrent que le champignon supporte mal les températures élevées, et qu'exposer les amphibiens infectés à des températures élevées peut éliminer le champignon.. Ceci peut expliquer pourquoi la chytridiomycose se développe principalement sous les climats frais.
Le champignon très ubiquiste ne semble pas pouvoir être éliminé quand il a colonisé une région. Une recommandation est d'empêcher sa dissémination (ne pas transporter d'amphibiens d'un bassin versant à un autre, désinfecter le matériel de pêche et de navigation, etc...)
Le champignon peut être tué par