La direction est aujourd'hui assurée par Jean-Luc Portelli, qui a succédé à Michel Fusté-Lambezat en 2000, et Hervé Alexandre depuis 2006, en tant que directeur adjoint.
Un conseil des élèves a été créé en 2001, dans le but de créer un lien entre les élèves et l'Administration du Conservatoire. Il est actuellement placé sous la délégation d' Aurélien Ramage.
Une association des Parents d'Elèves, soutenue par la Ville de Bordeaux, membre de la FNAPEC et de l'URAPEC, anime les relations entre parents et conservatoire et propose de nombreux services(cyberpoint, bourse aux livres, prêt et assurances d'instruments, aide aux élèves en difficulté) et organise de nombreuses manifestations pour aider les anciens élèves à se faire connaître dans la région. L'association est présidée depuis octobre 2007 par Laurent Cittone.
L'établissement, environné par le théâtre national Bordeaux Aquitaine, l'école des beaux-arts, le musée des Métiers de l'imprimerie, l'IUT de journalisme Michel-de-Montaigne, se situe désormais au cœur de l'un des pôles culturels de la ville.
L'école supérieure de théâtre de Bordeaux en Aquitaine est un projet commun du conservatoire de Bordeaux Jacques-Thibaud et du TnBA porté tant par Jean-Luc Portelli que par Dominique Pitoiset.
Des classes à horaires aménagés sont organisées, en association avec le conservatoire et l'Éducation Nationale, à l’école élémentaire André-Meunier, au collège Aliénor-d’Aquitaine, au lycée Camille-Jullian (Bac TMD), au lycée François Mauriac de Bordeaux, depuis la rentrée 2007. De nouveaux établissements ont rejoint ces deux lycées : le lycée Gustave-Eiffel et le lycée Michel-Montaigne.