Dans Galactica, les Colonies sont gouvernées par un conseil de douze membres (un par colonie), nommé le Quorum des Douze. Il est dirigé par un président des Douze Colonies de Kobol, qui est chef de l'État. Au président et au Quorum se rajoute un commandant en chef des Forces armées. Le gouvernement et le président mènent de concert la politique, à moins que la loi martiale ne soit prononcée.
Après la destruction des Douze Colonies et la mort du président Adar et du Quorum, la flotte des survivants passa sous le régime de la loi martiale, et donc fut commandée par le commandant Adama, le dernier membre du Quorum d'avant la destruction. Le comte Baltar, un autre membre du quorum ne devant sa vie qu'à une trahison, fut déclaré absent et retiré de son rang en raison de cette trahison envers l'humanité. Le Quorum a le pouvoir de retirer la loi martiale, mais après une tentative désastreuse de rétablissement de la loi civile dans la flotte composite, de telles préoccupations furent abandonnées.
Dans les Colonies, la justice est partagée entre « opposers » (accusation) et « avocats » (défense). La peine de mort n'existe pas, la prison à vie étant la peine maximale.
Les Forces coloniales sont divisées en trois branches au moins :
Dans Battlestar Galactica, le gouvernement colonial est quelque peu différent. Appelé officiellement « les Colonies-Unies de Kobol », le gouvernement est établi selon les Articles de la Colonisation. Ceux-ci prévoient une présidence et un « cabinet politique » (les ministères d'un gouvernement typique) dont chaque branche est dirigé par un ministre. En cas de décès du président, un ordre de succession est prévu. Par exemple, le ministre de l'éducation est 43e dans cet ordre. La peine de mort est instaurée et les exécutions pour trahison incluent l'exclusion du vaisseau directement dans l'espace. Cette dernière sentence étant instaurée par la présidente Laura Roslin et perpétuée par Tom Zarek lors de son court mandat. L'armée mène les exécutions de son personnel via son escadron de feu. Des gouvernements locaux sont dirigés par un maire. Le gouvernement colonial semble être relativement influencé par quelque forme de religion.
Le Quorum des Douze existe dans la série (un quorum intérimaire est même instauré durant un mois pendant l'exode), mais sa structure et son objectif sont différents. Les sessions du Quorum sont présidées par le président des Douze Colonies, dont le vote prédomine en cas d'égalité. Chaque Colonie a une seule voix. Les fonctions du Quorum des Douze incluent la prise en charge des nominations et des élections du vice-président — bien qu'il ne soit pas montré si cette pratique est commune ou liée à une place vacante cumulée à une situation d'urgence. Les membres du Quorum peuvent se porter candidat pour la vice-présidence, mais doivent renoncer à leur siège au Quorum en cas d'élection. Vu que les Colonies étaient des nations indépendantes jusque peu avant la première Guerre contre les cylons, le Quorum des Douze peut être décrit comme un mélange entre un sénat et le conseil de sécurité des Nations unies.
Dans son blog, Ronald D. Moore — producteur de Battlestar Galactica — indique que le gouvernement colonial était sans doute bien plus large (peut-être s'agit-il du Conseil du peuple mentionné dans Posez votre fardeau - 2e partie). Il comprenait en outre un système judiciaire indépendant, ainsi qu'un corps religieux ayant comme tâche de donner des avis.
Les différences dans le gouvernement dans le remake de 2003 proviennent du fait que les cylons ont été créés par l'Homme en tant que serviteurs et soldats, bien qu'il n'y ait pas de races d'extra-terrestres. L'équipe de production a déclaré que les cylons étaient utilisés comme soldats durant les guerre entre les colonies. En effet, alors que l'exode de Kobol s'est déroulée quelques 2 000 ans avant l'attaque des cylons sur les Douze Colonies dans la série télévisée, les « Articles de la Colonisation » n'ont que 52 ans, instaurés dans les premiers jours de la première Guerre contre les cylons qui dura une douzaine d'années. Le gouvernement colonial instaura la présidence et le Quorum était moins censé être unifié comme montré dans la série originale qu'une alliance de membres indépendants, comme l'OTAN ou les Nations unies. Cela se démontre par les différences entre les gouvernements et les lois des colonies ; par exemple, Sagitarron était régie par une dictature militaire. De plus, il est dit que la loi de Sagitarron autorise un condamné ayant purgé sa peine à recouvrir sa citoyenneté, impliquant que toutes les colonies n'avaient pas les mêmes lois, voire le même esprit de la loi. Un autre exemple est que selon la loi religieuse de Gemenon, les enfants sont la propriété de leurs parents et l'avortement est une obscénité.
L'armée coloniale semble être divisée en deux branches distinctes.
Du fait de l'absence de force de police au sein de la flotte, des membres de la Flotte Coloniale et du Corps des Marine Coloniaux servent également au maintien de l'ordre si nécessaire.