Dû à son isolement, Eiao a développé un certain nombre d’espèces animales et végétales endémiques. Elle a été classée « aire de gestion des habitats ou des espèces » en 1971, puis « réserve naturelle de l’île d’Eiao » en 1992.
L’introduction de moutons au XIXe siècle a malheureusement contribué à l’appauvrissement de la végétation de l’île, accroissant le phénomène d’érosion du sol, et par incidence de sa faune.