Avec un chiffre d'affaire de 18,633 milliards de dollars en 2007, la firme apparaît au 14e rang du classement mondial IMS 2007. La compagnie est cotée en bourse à New York et fait partie de l'indice boursier S&P 500. Eli Lilly est l'une des principales compagnies pharmaceutiques des États-Unis. Elle a joué un rôle historique important en développant un certain nombre de médicaments et de traitements pour toutes sortes de maladies.
Lilly a été impliqué dans un certain nombre de controverses, dont certaines à caractère politique, médical ou éthiques. Par exemple, certaines controverses ont pu concerner la rétention d'information au sujet du Zyprexa (olanzapine).
Elli Lilly a été classée en 2006 parmi les 100 premières entreprises au sein desquelles il est recommandé de travailler par Fortune Magazine. Barron's Magazine a nommé Elli Lilly parmi les 500 premières entreprises les mieux managées. Enfin, toujours aux États-Unis, l'entreprise a également eté nommée parmi les 10 entreprises les plus appréciées parles femmes travaillant.
Eli Lilly a la réputation de s'attirer les compétences de spécialistes reconnus aussi bien dans le domaine de la Santé publique que de la gestion, et de la recherche scientifique. Parmi ses anciens employés elle compte :
Ont été membres du conseil d'administration :
Après avoir quitté la CIA en 1977, George H. W. Bush devint un des dirigeants de Elli Lilly. Bush a activement oeuvré de l'intérieur comme de l'extérieur de l'administration, en tant que Vice-Président à partir de 1981, pour défendre les intérêts des industriels du secteur pharmaceutique notamment au travers du Texas Medication Algorithm Project .
Certains litiges judiciaires ont concerné le Prozac aux Etats-Unis (Kentucky), notamment avec le cas de Joseph Wesbecker, qui aurait tué 7 personnes et blessé 12 autres avant de se suicider. En Juin 2008, un accord a été trouvé entre Starr Johnson licenciée de l'entreprise en 2005 et Elli Lilly que cette ancienne employée accusait de discrimination raciale. Elli Lilly a été accusé de violer la loi fédérale anti-discrimination et a dû s'aquitter d'une indemnité de 54 400 dollars, assortie de 7 000 dollars d'intérêts et d'indemnités compensatoires et de 3 000 dollars de remboursements de frais d'avocats.