La molécule de l'enfuvirtide est un peptide constitué de 36 acides aminés et sa fabrication à l'échelle industrielle est particulièrement délicate car elle nécessite 44 produits différents et 106 réactions. L'enfuvirtide reproduit une partie de la région répétée HR2 de la glycoprotéine gp41 présente sur l'enveloppe du VIH et intervenant au moment de la fusion avec la membrane cytoplasmique de la cellule attaquée.
Le mécanisme d'action de l'enfuvirtide est de se fixer sur la gp41 et empêchant ainsi le virion d'amorcer la séquence de fusion-lyse, qui en temps normal aboutit à la pénétration de la capside du VIH dans le cytoplasme de la cellule.
Jusqu'au développement de l'enfuvirtide, les antirétroviraux utilisés dans un traitement contre le VIH agissaient à l'intérieur des cellules infectées, notamment les lymphocytes T4 qui sont la principale cible du VIH. L'enfuvirtide pour sa part agit au tout début du cycle de réplication du VIH en empêchant la fusion-lyse. Ainsi le virion ne peut pénétrer dans la cellule et détourner la machinerie cellulaire à son avantage.
L'enfuvirtide est indiqué chez les malades en situation d'échec thérapeutique avec un traitement antirétroviral hautement actif (HAART). Cet échec apparaît lorsque la charge virale augmente et que le nombre de lymphocytes T4 baisse. Des résultats positifs ont également été démontré pour le traitement des enfants séropositifs.
L'enfuvirtide n'est considéré efficace que contre le VIH-1 et il est déconseillé de l'utiliser pour un traitement contre le VIH-2 en raison d'une résistance naturelle.
Une résistance naturelle du VIH à l'enfuvirtide apparaît suite à des mutations des séquences HR1 et HR2. Mais ces mutations ne sont pas conservés lorsque l'enfuvirtide est arrêté.
En 2003 aux États-Unis le coût d'un traitement d'un an d'enfuvirtide s'élève à 20 000 $.