Outre la résistance naturelle aux antibiotiques actifs sur les Gram positifs (pénicillines, macrolides), les entérobactéries présentent fréquemment une résistance aux AB à large spectre auxquels elles sont normalement sensibles. Cette résistance est conditionnée par la présence de plasmides (ADN extra-chromosomique) porteurs de caractères de résistances multiples et transférables à d'autres bactéries Gram négatives par conjugaison bactérienne.
La détermination de la sensibilité par l'antibiogramme est donc indispensable, les souches multirésistantes étant fréquentes.
La paroi des entérobactéries contient un complexe lipo-saccharidique dont la partie lipidique correspond à l'endotoxine, identique chez tous ces germes et responsable d'une certaine pathogénicité vasculaire : vasodilatation, altération de la perméabilité, collapsus circulatoire. La fraction polysaccharidique est antigénique et correspond à l'antigène somatique ou antigène O dont la spécificité diffère d'après les espèces. Cet Ag. résiste à la chaleur et à l'alcool. De plus, les espèces mobiles possèdent un antigène flagellaire ou antigène H (flagelline), de nature protéique, thermolabile et sensible à l'alcool. Enfin, certaines bactéries possèdent un antigène de surface ou antigène K. Cet Ag. de surface se comporte comme une enveloppe qui bloque l'agglutinabilité de l'Ag. O sous-jacent.
L'étude de ces Ag. permet la détermination de sérotypes qui complètent l'identification biochimique.
La lysotypie peut dans certains cas fournir des renseignements complémentaires sur le plan épidémiologique.
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Il faut mentionner la lutte au moyen de bactériophages spécifiques des bactéries de la famille des Enterobacteriaceae comme Erwinia. La firme OmniLytics a par exemple fait approuver par l'EPA (États-Unis d'Amérique) le produit AgriPhage qui est actif contre la plupart des bactéries nuisibles en agriculture et horticulture, comme cela est mentionné à la page 168 du livre du microbiologiste Dr Alain Dublanchet: Des Virus pour combattre les Infections, Favre, 2009.