Comme dans toute forme de thérapie, les questions d'éthique et de déontologie sont encadrées en équithérapie, par différentes Chartes relevant des organismes représentatifs des thérapeutes. Ces Chartes n'ont toutefois pas de valeur légale, et les organismes représentatifs nationaux ne sont pas tous dotés des moyens de les faire respecter (mesures informatives ou disciplinaires à l'encontre des thérapeutes pris en faute), de les remettre à jour, et de répondre aux questions des usagers à leur sujet. Elles constituent donc un engagement moral pris par le thérapeute signataire envers son ou ses organisme(s) représentatif(s).
Il existe à l'heure actuelle deux chartes assez distinctes :