Les basses-terres situées au sud du pays, le long du golfe Persique et de la mer d'Oman (région du Makran) jouissent d'un climat chaud et humide tout au long de l'année. En conséquence, elles accueillent uen faune et une flore très différente du reste de l'Iran.
L'Iran possède plusieurs zones marécageuses. L'une d'elles se trouve au nord, le long de la côte de la mer Caspienne. Elle est composée de lacs d'eau douce et de lagons dans la région du Gilan et dans la région de Gorgan et des steppes Turkmènes.
Une autre zone marécageuse est située aux alentours du lac d'Orumieh, qui est un lac salé situé dans la province de l'Azerbaïdjan occidental. D'autres régions marécageuses existent autour de différents lacs salins au Sistan, à la frontière avec l'Afghanistan et au niveau du delta de Helmand.
Enfin, la troisième zone marécageuse d'importance se trouve au sud du pays, dans la région du Khuzestan. Elle est formée de plaines inondées par les rivières Karoun et Kharkeh.
Ces zones marécageuses accueillent de nombreuses espèces d'oiseaux.
La mer Caspienne, quant à elle, accueille des esturgeons et des harengs.
L'habitat côtier du golfe Persique ainsi que les îles iraniennes situées dans le golfe accueillent des zones des mangroves, de plages de sable et de falaises rocheuses en bord de mer qui fournissent un habitat priviliégié pour de nombreuses espèces d'oiseaux.
On y trouve notamment des Flamants roses et des pélicans.
On a rapporté la présence de la Gazelle (Gazella gazella dareshurii) sur l'île Forur du Golfe Persique.