Position géographique et climats (océanique, continental, méditerranéen et montagnard) expliquent en grande partie que la faune de France soit très diversifiée. En effet, une grande variété de milieux existe sur une superficie relativement restreinte : bocages, milieux agricoles, forêts tempérées, forêts méditerranéennes, zones humides intérieures, cours d'eau, littoraux sableux, littoraux rocheux et falaises, collines, moyennes montagnes, hautes montagnes, villages et villes.
Animaux unicellulaires, les protozoaires sont présents dans tous les milieux. Si une majorité d'entre eux mènent une vie libre, un grand nombre sont des parasites d'animaux ou de l'homme.
Les amibes présententent, selon les espèces, les deux types de modes de vie. Ainsi, l'Amibe protée Chaos diffluens vit dans la terre humide et au fond des mares tandis qu'Entamoeba coli peuple le gros intestin de l'homme sans action pathogène.
Cet embranchement comporte un millier d'espèces en France.
La plus connue des éponges, appartenant à la classe des Démosponges, est celle qui forme l'éponge de toilette (Spongia officinalis), qui vit en Méditerranée et dont le squelette corné mais souple est commercialisé sous le nom d'éponge naturelle ou même d'éponge "végétale" ! D'autres espèces marines peuplent les eaux françaises comme Suberites domuncula et Myxilla incrustans. En eau douce, se rencontre notamment Spongilla fluviatilis.
Espèces d'eau douce françaises : Ephydatia fluviatilis, Ephydatia muelleri, Eunapius fragilis, Sanidastra yokotonensis, Spongilla lacustris, Trochospongilla horrida
On évalue à 39 000 espèces d'insectes présent en France métropolitaine.
Environ 1 500 espèces d'araignées sont connues de France. La famille des Linyphiidae, typique des régions tempérées froides, compte le plus de représentant avec près de la moitié des espèces connues. Viennent ensuite les Salticidae (ou araignées sauteuses), la famille la plus riche d'espèce à travers le monde et particulièrement dans les régions tropicales et équatoriales. Vient ensuite la famille des Lycosidae (ou araignées loups).
La faune de France métropolitaine est pauvre en scorpions :
En dehors de Buthus occitanus, les espèces françaises sont trop petites pour causer des piqûres. Pour B. occitanus, la piqûre des individus rencontrés en France, bien qu'un peu douloureuse, n'est en rien dangereuse. Le venin de cette même espèce est plus dangereux au Maghreb.
En Martinique, on peut voir 3 espèces différentes de scorpion : Centruroides barbudensis, Isometrus maculatus et Didymocentrus lesueurii. En Guadeloupe en plus de C. barbudensis et I. maculatus vit Centruroides pococki. Aux Saintes, en plus de C. pococki se rencontre Oiclus purvesii. En Guyane, on peut rencontrer pas moins de 20 espèces différentes de scorpions. A la Réunion se trouve Liocheles australasiae ainsi que peut-être encore I. maculatus et Chiromachus ochropus. En Nouvelle-Calédonie, 4 espèces sont présentes : Cercophonius squama, Isometrus heimi, Liocheles waigiensis et L. australasiae.