L'embranchement des Mollusques comporte quatre classes, toutes représentées en France.
La classe des Amphineures est divisée en trois sous-classes dont celle des Monoplacophores représentée par une seule espèce dans le golfe de Gascogne (la plupart des taxons vivant dans les fosses marines du Pacifique).
La classe des Gastéropodes est la plus importante de cet embranchement par le nombre d'espèces. Les principaux Prosobranches sont les patelles (Patella vulgata, Patella aspera, Patella intermedia, Patella coerulea et Patella lusitanica) et les bigorneaux (Littorina littoralis, Littorina saxatilis, Littorina neritoides et Littorina littorea). Les Pulmonés comprennent essentiellement les escargots terrestres (Escargot de Bourgogne , Petit-gris, Hélice des bois et Hélice des jardins), les limaces (Limax maximus, Arion rufus et Deroceras reticulatum) et les escargots dulçaquicoles (Limnée naine Limnaea trunculata, Limnée des étangs Limnea stagnatilis et Planorbe cornée Planorbis corneus).
Cet embranchement n'est représenté en France que par une seule espèce (seulement 13 au niveau mondial) : l'Amphioxus ou Lancelet (Branchiostoma lanceolatum) présent sur toutes les côtes jusqu'à 40 m de profondeur.
Cet embranchement comporte des Appendiculaires, des Ascidiacés (ou Ascidies) et des Thaliacés (ou Thalies).
La France métropolitaine compte plus de 600 espèces de vertébrés (hors poissons de mer).
Cette classe est divisée en deux sous-classes : les Sélaciens (requins et raies) et les Holocéphales (Chimères). Cette dernière est assez rare dans les eaux françaises.
Cette classe est divisée en deux sous-classes : les Chondrostéens (représentés en France par une seule espèce, l'Esturgeon) et les Téléostéens. Cette sous-classe comporte en France 17 ordres et au moins 61 familles. Le nombre d'espèces est difficile à préciser, le recensement des divers poissons marins étant très délicat à effectuer. En eau douce et saumâtre, elles sont au nombre de 80 environ (dont au moins 65 exclusivement en eau douce).
Cette classe est représentée en France par 29 espèces appartenant à deux ordres : les Urodèles et les Anoures.
En France, la classe des reptiles est représentée par l'ordre des Chéloniens (tortues) et celui des Squamates subdivisé en deux sous-ordres : les Sauriens (lézards et Orvet) et les Ophidiens (serpents), soit au total 39 espèces.
On évalue à 273 le nombre des espèces nichant en France métropolitaine de façon régulière. Sur ce chiffre, 51 sont menacés et 22 en danger d'extinction.
En France métropolitaine, la classe des oiseaux compte 22 ordres réunissant 73 familles et 537 espèces.
Cette classe est représentée en France par sept ordres réunissant 28 familles comprenant au total 135 espèces, dont une vingtaine occasionnelles (essentiellement phoques et cétacés).