La famille S08 a amené à des évolutions :
À noter également que Freescale produit des puces RF 2,4 GHz (pour protocole Zigbee) intégrant un microcontrôleur MC9S08 (exemple).
Les MC68HC908 se programmaient/déboguaient via une liaison série mobilisant 3 à 4 pattes du contrôleur. Un programme particulier (appelé « moniteur ») intégré en ROM permettait la communication. L'interface PC - cible appelée « MON08 » se fondait généralement sur le port série. L'entrée en mode « moniteur » était déclenchée par l'application d'une haute tension (7,5 à 9 V) sur la patte d'interruption externe à la mise sous tension.
Les MC9S08 ont hérité du module de débogage intégré des 68H12 et ColdFire, le BDM (Background Debug Module). La programmation/debug s'effectue via une seule patte du contrôleur et par USB du côté PC. L'interface cible – PC ou sonde est appelée « pod BDM »
Le module BDM intégré aux contrôleurs MC9S08 permet un débogage « In Circuit » en temps réel non intrusif, ne mobilisant pas de ressources du uC avec des points d'arrêt conditionnels ainsi que des possibilités de traçage du bus. Il permet d'éviter dans une certaine mesure l'utilisation d'un émulateur. La sonde BDM s'adapte automatiquement à la tension et à la fréquence de la cible.
Freescale soutient la réalisation de sondes BDM « Open Source » sous licence GPL dont le code et le hardware sont ouverts.