Garuda Indonesia avait, comme toutes les autres compagnies aériennes indonésiennes, été ajoutée à la liste des compagnies aériennes qui font l'objet d'une interdiction d'exploitation dans l'Union européenne fin juin 2007. À la suite de trois missions d’inspections de la Commission européenne, menées sous la responsabilité du fonctionnaire européen Federico Grandini, le 14 juillet 2009, la Commission a annoncé le retrait de quatre compagnies indonésiennes de cette liste. Il s'agit de Garuda Indonesia, Airfast, Mandala Airlines et Premiair.
Garuda Indonesia dessert les destinations suivantes (juin 2010) :
Le 30 novembre 2009, Garuda a annoncé suspendre temporairement son vol quotidien Singapour-Ho Chi Minh Ville
Le 7 mars 2007, vers 7 heures, heure locale, un Boeing 737 de la compagnie avec 140 occupants (dont 133 passagers), en provenance de Jakarta, a glissé hors de la piste lors de l'atterrissage à l'aéroport international de Yogyakarta Adisucipto et a pris feu, provoquant la mort de 22 personnes. Les résultats préliminaires de l'enquête indiquent que l'avion allait encore trop vite et que les volets n'étaient pas en bonne position pour l'atterrissage (sources : Antara, AP, Garuda Indonesia).