L'Équateur subit des séismes fréquents, des glissements de terrains, une activité volcanique importante, des inondations et des sécheresses périodiques à cause du phénomène El Niño.
Au niveau des problèmes dus à l'homme, il y a la déforestation de l'Amazonie, l'érosion des sols, la désertification due au réchauffement climatique, la pollution de l'eau et la pollution pétrolière dans les zones écologiques sensibles des îles Galápagos.