Les perturbations naturelles telles que le broutage des herbivores, les tempêtes, les dégradations par la glace et la dessiccation font partie intégrante de la dynamique des écosystèmes marins. Les herbiers marins affichent un degré extrêmement élevé de plasticité phénotypique, s'adaptant rapidement aux variations des conditions de l'environnement. Les herbiers marins sont toutefois en déclin global, avec quelque 30 000 kilomètres carrés perdus au cours des dernières décennies. La principale raison de ce déclin est la perturbation occasionnée par l'homme, notamment l'eutrophisation, la destruction mécanique de l'habitat et la surpêche. L'apport excessif de nutriments (azote, phosphore) est directement toxique pour les herbiers, mais plus grave, il stimule la croissance des épiphytes et des algues flottantes macroscopiques et microscopiques. Cela se traduit par une diminution de la quantité de lumière solaire pouvant atteindre les feuilles des plantes, ce qui réduit leur photosynthèse et donc leur production primaire. La décomposition des thalles des algues ainsi que le fuel algal entraine la prolifération des algues (bloom), d'où un effet rétroactif (feedback) positif. Cela peut conduire à une réorganisation complète de l'écosystème lequel peut passer d'une prédominance des herbiers à une domination des algues.
La surpêche des grands poissons prédateurs pourrait indirectement augmenter la croissance des algues, réduisant ainsi la régulation que permet le broutage des invertébrés herbivores, tels que les crustacés et les gastéropodes, par un phénomène de cascade trophique.
Enfin, l'introduction de nouvelles espèces, comme Caulerpa taxifolia peut également avoir un impact négatif sur la diversité au sein des herbiers.
Les méthodes les plus utilisées pour protéger et restaurer les herbiers sont, notamment, la réduction des niveaux de nutriments et de pollution, la préservation par utilisation d'aires marines protégées et la restauration par la transplantation de plans d'herbiers.
Le gouverneur de l'État de Floride dont les eaux hébergeraient 7 espèces de ces magnoliophytes marines, a édicté une charte de sensibilisation à la protection des herbiers, « Seagrass Awareness Month ».
Les herbiers marins sont récoltés comme engrais pour amender les sols sablonneux. Ce fut une activité importante dans le Ria de Aveiro, au Portugal, où les plantes recueillies étaient nommés moliço. Au début du XXe siècle, des plantes issues d'herbiers marins ont été utilisées notamment en France en guise rembourrage de matelas, et ont été très appréciées par les forces françaises pendant la Première Guerre mondiale. Récemment des plantes ont été utilisés dans l'ameublement, tissées comme le rotin.