L'examen histopathologique des tissus commence par un acte de prélèvement de tissus (chirurgie, biopsie ou autopsie). Le tissu est retiré de l'organisme ou de la plante et généralement placé placé dans un fixatif biocide, qui stabilise le tissus afin de prévenir la décomposition. Le fixatif le plus commun est du formol (10% de formaldéhyde dilué dans de l'eau). La personne qui prélève l'échantillon veille à ne pas le contaminer par des poussières, microbes ou substances indésirables.
Les préparations histologiques sont examinés au microscope par un médecin spécialisé (ou laborantin qualifié dans le domaine de la botanique ou de la fonge)
Ce diagnostic médical est formulée dans un rapport qui décrit le résultat et l'avis du médecin. Dans le cas d'un cancer, ce diagnostic histopathologique aura une grande importance pour le choix du protocole de traitement (radiologie, chimiothérapie, exérèse, etc).