L'histopathologie est la discipline botanique ou médicale destinée à faire un diagnostic par l'étude microscopique des tissus (vivants ou morts).
C'est encore l'outil le plus utilisé en anatomo-pathologie ; en routine pour le diagnostic clinique du cancer et d'autres maladies.
Le mot Histopathologie vient du grec histos (tissus) et pathos (souffrance).
Il renvoie à l'observation à échelle microscopique des tissus vivants ou morts avec pour objectif d'identifier les mécanismes, traces ou indices histologiques de manifestations de maladies (virales ou non).
En médecine clinique, l'histopathologie se réfère plus particulièrement à l'examen de biopsies ou d'échantillons chirurgicaux.
L'échantillon de tissus prélevé est préparé par les méthodes de l'histologie de manière à pouvoir être observé au microscope.
Il est immergé dans un conteneur conçu pour permettre à des réactifs de pénétrer le tissus. Il est immergé dans des bains successifs de plus en plus concentré en éthanol, ce qui conduit à complètement déshydrater les tissus. L'échantillon est ensuite plongé dans du toluène ou xylène (avec précaution car ce sont des produits toxiques). Puis, il est finalement plongé dans un conservateur (souvent de la paraffine fondue). Au cours de ces 12 à 16 heures le processus a permis à la paraffine de remplacer l'eau dans les tissus, ce qui fixe l'échantillon, mais le rend différent du tissus original. L'image finale devra donc être « interprétée » par un spécialiste.
Les tissus ainsi préparés sont ensuite retiré de la cassette de préparation et disposés dans un moule dans lequel on verse de la paraffine qui va se figer en un bloc en se refroidissant.
En découpant des tranches très fine (2 à 7 micromètres d'épaisseur) de ce bloc au moyen d'un microtome, on obtient des tranches de tissus biologique plus fines que l'épaisseur moyenne d'une cellule. Ces tranches sont positionnées sur une lame de verre et éventuellement soumises à coloration par un ou plusieurs pigments dont l'affinité avec certains composants cellulaires révèlera certaines structures ou anomalies. La coloration améliore aussi le contraste de l'image vue sous microscope.
Les colorants les plus couramment utilisés en histopathologie combinent deux pigments ;
Des centaines de d'autres techniques ont été développées pour colorer de manière sélective certains éléments cellulaires ou de l'organisme (ex : safranine, Oil Red O, rouge congo, sels d'argent et divers colorants artificiels.
L'Histochimie regroupe diverses techniques utilisant des réactions chimiques entre produits chimiques et composants biologiques des tissus. par exemple, une technique histochimiques commune est l'utilisation du Bleu de Prusse (coloration de Perl) qui met par exemple en évidence les dépôts de fer dans un grain de riz, ou dans des maladies telles que l'Hémochromatose.
Récemment, des anticorps ont été utilisés pour sélectivement teinter des protéiness, lipidess et glucidess. Cette technique dite d'immunohistochimie a considérablement affiné le potentiel d'étude des cellules au microscope.
D'autres techniques avancées, notamment 'hybridation in situ' ou inspirées du génie génétique permettent d'identifier des molécules d'ADN ou d'ARN.
Les appareils photo numériques sont de plus en plus utilisés pour capturer des vues histopathologiques.