Les îles Crozet furent découvertes par l’expédition de l’explorateur français Nicolas Thomas Marion-Dufresne qui fit débarquer son second Julien Crozet sur l’île de la Possession le 24 janvier 1772. Crozet prit alors possession de l’archipel au nom de la France. Le capitaine britannique James Cook nomma ces îles d’après Julien Crozet, ayant également donné le nom de Marion-Dufresne à l’île Marion voisine de celle du Prince-Édouard .
Au début du XIXe siècle, les îles Crozet étaient souvent visitées par des chasseurs de phoques, provoquant leur quasi disparition vers 1835. Après cette date, la chasse à la baleine fut la principale activité menée autour de l’archipel, particulièrement par les baleiniers du Massachusetts, aux États-Unis.
Les naufrages étaient fréquents aux abords des îles Crozet. Le chasseur de phoques britannique Princess of Wales coula en 1821 et les rescapés du naufrage passèrent deux ans sur les îles. En 1887, le navire français Tamaris coula et son équipage se réfugia sur l’île aux Cochons. Ils attachèrent une note à la patte d’un pétrel ; la note fut trouvée sept mois plus tard à Fremantle en Australie, mais les naufragés ne purent être sauvés. La fréquence des accidents maritimes autour des îles était telle que la Royal Navy y envoyait de temps en temps un navire (à intervalles de quelques années) pour récupérer d’éventuels survivants.
Après 1923 et l’affirmation de sa souveraineté, la France administre les îles Crozet comme une dépendance de Madagascar, mais elles deviennent un district des Terres australes et antarctiques françaises en 1955. En 1938, les Crozets sont classées réserve naturelle. En 1961, une première mission a lieu sur l'île de la Possession. En 1963, la base permanente est construite au-dessus du site de Port-Alfred, elle reçoit en 1969 le nom d'Alfred Faure (chef de la première mission). À l’heure actuelle (42e mission en 2005), la station possède une équipe de 18 à 30 personnes suivant la période de l’année et les scientifiques y réalisent des recherches en météorologie, biologie, géologie, magnétisme terrestre et sismographie.