Dans son livre Junk Science, Dan Agin explique que, peu après avoir publié son travail sur les semi-conducteurs à molécule unique, d’autres membres de la communauté scientifique affirmèrent que ses données contenaient des anomalies. Le professeur Lydia Sohn, à l’époque de l’université de Princeton, remarqua que deux expériences menées à différentes températures avaient produit un bruit de mesure identique. Quand les éditeurs de Nature le signalèrent à Schön, ce dernier expliqua qu’il avait accidentellement soumis le même graphique deux fois. Le professeur Paul McEuen de l’université Cornell retrouva alors le même bruit de mesure sur une troisième expérience. D’autres recherches entreprises par McEuen, Sohn et d’autres physiciens permirent de découvrir de multiples exemples de données dupliquées dans les travaux de Schön, ce qui enclencha une série de réactions qui amenèrent Lucent Technologies (qui dirigeait Bell Labs) à mener une enquête plus approfondie.
En mai 2002, Bell Labs nomma le professeur Malcolm Beasley de l’université Stanford à la tête d’un comité chargé d’enquêter sur l’affaire. Le comité obtint les informations de tous les coauteurs des écrits de Schön et interrogea les trois principaux (Zhenan Bao, Bertram Batlogg et Christian Kloc). Il examina les projets électroniques des écrits mis en cause, y compris les données numériques. Quand le comité requit les copies des données brutes, il découvrit que Schön n’avait pas conservé ses données de laboratoire. Ses fichiers de données avaient été effacés de son ordinateur parce que selon lui, les capacités d’espace dur de son ordinateur étaient insuffisantes à conserver ces fichiers. En outre, tous ses échantillons expérimentaux avaient été soit jetés soit irrémédiablement endommagés.
Le rapport publié par le comité, le 25 septembre 2002, contient des détails sur les 24 allégations de mauvaise conduite. Au moins 16 d’entre elles étaient prouvées. Il fut constaté que des ensembles de données entiers avaient été réutilisés dans un certain nombre d'expériences différentes. Ils découvrirent également que certains de ses graphiques, soi-disant élaborés à partir de données expérimentales, avaient en réalité été produits à l’aide de fonctions mathématiques.
Le rapport établit que Schön avait agi seul. Tous les coauteurs furent exonérés de toute accusation, ce qui provoqua un grand débat au sein de la communauté scientifique sur la manière de répartir le blâme entre coauteurs, en particulier lorsqu’ils partagent une partie importante du crédit.