Le mouvement d'education populaire créé en 1866 par Jean Macé avec la fondation de la ligue francaise de l'enseignement (1er mouvement créé) a inspiré les lois sur l'école "gratuite, obligatoire et laïque" à la fin du XIXe siècle.
Avec la révolution de 1848, le suffrage universel est institué. Louis Napoléon Bonaparte est élu Président de la République. Après le coup d’État du 2 décembre 1851, un journaliste républicain, Jean Macé, estime qu' « Avant d’instituer le suffrage universel, il aurait fallu trente ans d’instruction obligatoire … ».
Il est contraint à l’exil en Alsace où il crée en 1863 la Société des bibliothèques populaires du Haut-Rhin, initiative qui s'étend rapidement à la France entière. L’année suivante, avec Pierre-Jules Hetzel, il fonde un journal « le Magasin d’éducation et de récréation » pour associer éducation et divertissement, avant de lancer un appel « au rassemblement de tous ceux qui désirent contribuer au développement de l’instruction dans leur pays ». Le 15 novembre 1866, Jean Macé annonce officiellement la naissance de la Ligue française de l’enseignement.
Une pétition pour une instruction publique, gratuite, obligatoire et laïque est lancée avec l’aide de la presse libérale, et connaît un très grand succès. Le « Mouvement national du sou contre l’ignorance » lancé en septembre 1871 permet de recueillir en quinze mois plus de 1 300 000 de signatures remises à l’Assemblée nationale. En novembre 1872, une nouvelle campagne est lancée auprès des élus locaux sur la question de la laïcité, c’est-à-dire de « la neutralité de l’école publique subventionnée par l’État ou la commune ».
Avec « l’ordre moral » imposé en 1873 par le gouvernement du Duc Albert de Broglie, la Ligue se rapproche de l’armée par le biais des bibliothèques régimentaires. Sa devise est alors Pour la patrie, par le livre et l’épée ».
Avec l'arrivée de Jules Ferry au est ministère de l’Instruction publique et des Beaux-arts, et sous l’influence d’autres ligueurs, Ferdinand Buisson, Paul Bert, René Goblet, le Parlement vote les lois scolaires : gratuité de l’enseignement primaire le 16 juin 1881, obligation et laïcité le 28 mars 1882.
Dissous sous le régime de Mac-Mahon, les Cercles de la Ligue renaissent sous forme de Sociétés républicaines d’instruction et le Cercle parisien est reconnu d’utilité publique. Le congrès convoqué à cet effet se déroule du 18 au 20 avril 1881 dans les locaux du Grand Orient de France en vue de donner à la Ligue sa forme fédérale. Le 21 avril, au Trocadéro, la Ligue est consacrée « organisation républicaine » par Léon Gambetta.
En 1886, plus du tiers des députés et des sénateurs sont membres de la Ligue. Toutefois, les lois scolaires ne sont pas toujours appliquées.
Sous la présidence de Léon Bourgeois, la Ligue appelle au développement des œuvres post- et péri-scolaires afin d’implanter en tout homme « les solides principes indispensables aux citoyens d’une démocratie ». Soutenus par les pouvoirs publics, patronages, amicales d’anciens élèves, mutuelles, coopératives voient le jour sur tout le territoire et connaissent un grand succès qui inspire au gouvernement la loi de 1901 sur les associations.
Pendant la Première Guerre mondiale, la Ligue rejoint "l'Union sacrée", et Léon Robelin, son secrétaire général, appelle toutes les sociétés adhérentes à aider la défense nationale.
Aux lendemains de la guerre, la Ligue se trouve très affaiblie. De nombreux militants sont morts dans les tranchées et le militantisme s'est affaibli par « l’Union sacrée ». Ses congrès sont désertés alors que, dans certains départements, les associations locales regroupées en fédérations veulent créer une Confédération nationale des œuvres laïques. Lors du congrès que ces fédérations tiennent à Saint-Étienne au début de 1925, grâce à Joseph Brénier, les délégués de la Ligue réussissent à convaincre les participants qu'elle a vocation à être cette confédération.
En décembre 1925, au cours d’une « assemblée constituante de la Ligue régénérée », elle modifie ses structures, se décentralise et devient la « Confédération générale des œuvres laïques scolaires, postscolaires, d’éducation et de solidarité sociale » qui sera reconnue d’utilité publique par le décret du 31 mai 1930.
Avec le souci de mettre l’art, les techniques, les disciplines sportives au service de tous, elle crée des sections spécialisées, les UFO. La première, en 1928, l’UFOLEP (Union française des œuvres laïques d’éducation physique) et sa filiale, l’USEP,(Union sportive de l’enseignement primaire), créée en 1939, permet à des centaines de milliers d’enfants la pratique du sport.
En 1933, ce sont la chorale, la danse, le théâtre, la musique la photo, la peinture, la sculpture, le folklore qui grâce à l’UFOLEA (Union française des œuvres laïques d’éducation artistique) deviennent accessibles au grand nombre, ainsi que le cinéma, grâce à l’UFOCEL (devenue plus tard l’UFOLEIS : Union française des œuvres laïques pour l’éducation par l’image et le son). En 1934,dans le cadre de l’UFOVAL, elle s’attache à développer les colonies de vacances et les centres d’adolescents. Avec le CLAP (Centre laïque d’aviation populaire), elle se soucie aussi de l’aviation populaire : modèles réduits pour les jeunes, aviation sportive pour les adultes.
"La plus grande organisation culturelle française" est dissoute en avril 1942 sous le gouvernement de Vichy.
Après la guerre, la Ligue se reconstitue peu à peu. Le Général de Gaulle participe à son Congrès de refondation et déclare : "Honneur à la Ligue de l'Enseignement". Plus tard, la confédération approuve le « plan Langevin–Wallon » pour une réforme démocratique du système éducatif. Elle participe avec le SNI (Syndicat national des instituteurs) à la création du Cartel d’action laïque, présidé par Albert Bayet.
Aidée par la Fédération nationale des conseils de parents d’élèves des écoles publiques (FCPE), la Ligue devient un bras militant prolongeant l’action du Ministère de l’Éducation nationale afin d’assurer le rayonnement de l’école publique.
Dans son assemblée générale du 11 juillet 1967, juste après l’année de son centenaire, une réforme des statuts est adoptée. La Ligue prend le nom de « Ligue française de l’enseignement et de l’éducation permanente, Confédération générale des œuvres laïques ».
En 1972, la Ligue a une implantation essentiellement rurale à l’heure d’une urbanisation galopante. Dans le même temps, la Ligue qui « en 1880 participait à la construction de l’unité nationale par l’éradication des cultures minoritaires s’impose un siècle plus tard une réflexion sur la place des minorités…la gestion du pluralisme dans les sociétés contemporaines, et les conditions d’un multiculturalisme compatible avec la République » .
Après des débats animés, lors de son congrès de Nîmes en 1975, elle se déclare solidaire de tous ceux qui luttent pour la construction d’une société de type socialiste.
Les associations remplacent les bénévoles par des professionnels, privilégiant la qualité du service proposé à la dimension militante. La rationalisation gestionnaire du secteur de l’animation socioculturelle est devenue la préoccupation dominante, même si la Ligue maintient dans ses discours de congrès un style contestataire.
La loi Debré du 31 décembre 1959 avait mis en place un système contractuel assurant aux établissements privés un financement public tout en reconnaissant leur caractère propre. En octobre 1977, la loi Guermeur est venue la compléter en sollicitant les communes pour financer l’école privée dont les enseignants jouiront des mêmes avantages de carrière que ceux du public. Les protestations du Comité national d’action laïque sont demeurées vaines et le dualisme scolaire semble acquis, ce que manifeste très clairement en 1984 l’échec d’intégrer le privé dans « un grand service public unifié et laïque » .
Dès 1982, à l'assemblée générale de Montpellier, il est proposé de mettre en place un enseignement de l’histoire des religions à l’école.
A la fin des années 1980, la Ligue s’intéresse aux conséquences de l'immigration. Pour elle, « la volonté de vivre ensemble ses différences est à la base de tout projet inspiré par la laïcité » . En janvier 1987 sont créés les Cercles Condorcet afin de « ne pas subir passivement, mais tout au contraire anticiper, comprendre et accompagner les mutations parfois brutales qui ébranlent la société.»
Au 87e congrès (Toulouse 2 - 8 juillet 1989), 85% des 600 délégués des fédérations départementales des Œuvres laïques ratifient la résolution « laïcité 2000 ».
La Ligue entretient des partenariats avec des associations à l’étranger, organise des échanges de jeunes, soutient des projets de développement en Afrique. Elle est membre de la fédération européenne SOLIDAR.