L'île de Linosa a été baptisée de différents noms au cours des siècles. Déjà du temps de Pline l'Ancien on lui donnait le nom d’Aethusa pour indiquer une île d'origine volcanique dans le détroit de Sicile. Ensuite, le nom subit diverses modifications passant par Lenusa puis Larniusa et enfin Algusa.
Vu le manque total de sources aquatiques et vu aussi la distance séparant l'île de la terre ferme, il est assez facile d'en déduire que l'installation sur l'île est assez récente. Toutefois, durant l'antiquité elle fut un abri pour ceux qui labouraient il Mare Nostrum : il est certain que les Romains l'ont utilisée comme base durant les Guerres Puniques et leurs vestiges sont restés dans les 150 citernes construites pour récolter l'eau de pluie; en outre, la mer alentour est pleine d'épaves de navires qui ont fait naufrage au cours des siècles. A la domination romaine ont succédé les dominations phénicienne, arabe et sarrasine. Puis, l'île a longtemps été inhabitée et servit de port de fortune à la piraterie méditerranéenne.
En 1555, la flotte de Charles Quint, de retour de la victoire de Tunisie contre les Arabes fut surprise par une forte tempête et quelques navires vinrent s'écraser sur les écueils de Linosa.
En 1630, Charles II d'Espagne concéda à la famille des Tomasi le titre de Prince de Lampedusa ainsi que le domaine de Linosa. En 1776, un des princes Tomasi conseille au Roi de Naples de vendre les îles aux Anglais qui se montrent très intéressés par leur valeur stratégique mais le Roi ne les concédera pas et les achètera finalement lui-même au prince.
En 1843, Ferdinand II des Deux-Siciles, roi des Deux-Siciles, demande au cavalier Bernardo Maria Sanvinsente, capitaine de frégate, de coloniser les îles. Cela arriva le 22 septembre 1843 à Lampedusa. Pour Linosa, il faudra attendre le 25 avril 1845 quand un premier groupe de trente personnes composé de quelques familles d'habiles artisans arrivant d'Ustica, Agrigente et Pantelleria (dont un prêtre, un médecin et un député syndiqué) débarquèrent sur l'île. Les colons qui avaient été recrutés avaient bénéficié d'une paye de trois sous par jour et de l'usage gratuit de 240 hectares de terrain sur l'île.
Oubliés et abandonnés à eux-mêmes par le gouvernement d'Italie, les habitants de l'île ont malgré tout continué à y vivre, venant à être appelés au cours de la Première Guerre mondiale lorsque le pays a eu besoin de leurs services.
Avec le début des années 1960, Linosa commence à changer : arrivent alors les premières innovations techniques accompagnées d'un développement touristique. La SIP installa en 1963 la première centrale téléphonique, en 1967 entra en fonction une centrale électrique gérée par la SELIS, en 1968 fut inauguré le nouveau siège de l'Asile infantile dédié à Pietro Taviani, ainsi que l'école primaire et le collège.
En 1976, la RAI élit aussi domicile sur l'île en installant un répétiteur pour les deux premiers canaux. Ensuite furent construit les quais d'accostage à Scalo Vecchio, Pozzolana di Ponente et Mannarazza. C'est seulement en 1985 que la navette Paolo Veronese put accoster sur le quai de Scalo Vecchio. En 1983, la construction du dessaloir permit une alimentation en eau potable continue.
Au fil du temps l'île a accueilli d'énormes aménagements et de nombreux services sociaux commencent à naître, ceux-ci étant encore à améliorer.
