Le microbiote est une nouvelle dénomination de la microflore.
Il s'agit de la population de micro-organismes vivant en accord avec son hôte Le génome (Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une...) du microbiote se dénomme microbiome. Un animal (Un animal (du latin animus, esprit, ou principe vital) est, selon la classification classique, un...) ou un végétal (Les classifications scientifiques classiques regroupent sous le terme végétal...) dont le microbiote est connu est dit gnotobiotique ( gnotos, « connu », biota, « biote »).
La science (La science (latin scientia, « connaissance ») est, d'après le dictionnaire...) qui les étudie est la gnobiologie.
L'intestin d'un humain adulte abrite environ 1 kg de bactéries actives sur une surface (Une surface désigne généralement la couche superficielle d'un objet. Le terme a...) développée (En géométrie, la développée d'une courbe plane est le lieu de ses centres de...) d'environ 400 m2 (villosités et micro-villosités). Ce microbiote est constitué d'un nombre (La notion de nombre en linguistique est traitée à l’article « Nombre...) de micro-organismes de 10 à 100 fois plus élevé que le nombre de cellules de tout (Le tout compris comme ensemble de ce qui existe est souvent interprété comme le monde ou...) le corps. 90 % de la population totale d'un intestin est constituée d'environ 1000 espèces de bactéries mais plusieurs milliers d’espèces bactériennes différentes coexistent dans un tube digestif normal. La flore (La flore est l'ensemble des espèces végétales présentes dans un espace...) bactérienne est renouvelée en permanence, compensant une perte d'environ 100 milliards de bactéries par gramme (Le gramme est une unité de masse du Système international (l'unité de base est le kilogramme) et...) de selles.
Certains auteurs suggèrent de considérer le microbiote en tant qu’entité ou qu’organe métabolique associé à l’organisme de leur porteur ; un organe (Un organe est un ensemble de tissus concourant à la réalisation d'une fonction...) composé d’un nombre d’organismes pouvant atteindre 1013 individus, dominés par des bactéries anaérobies, et pouvant inclure 500 à environ 1000 espèces dont le génome collectif est estimé contenir 100 fois plus de gènes que le génome humain.
Cet organe symbiote joue (La joue est la partie du visage qui recouvre la cavité buccale, fermée par les...) un rôle différent chez le bébé (L'onomatopée bébé désigne l'être humain en bas-âge. En...) et l'adulte (il faut après la naissance deux mois (Le mois (Du lat. mensis «mois», et anciennement au plur. «menstrues») est une période de temps...) environ pour que le microbiote soit mature). Il a 4 « fonctions » reconnues :
Le microbiote intestinal humain est à ce jour (Le jour ou la journée est l'intervalle qui sépare le lever du coucher du Soleil ; c'est la...) constitué de plus de 500 espèces différentes connues. Si chacun possède son propre microbiote, les chercheurs de l'INRA ont mis en évidence l'existence d'un petit nombre d'espèce (Dans les sciences du vivant, l’espèce (du latin species, « type »...) partagée par tous qui constituerai le noyau phylogénétique du microbiote intestinal humain.
Chez l'adulte, le microbiote apparaît très stable au cours du temps (Le temps est un concept développé par l'être humain pour appréhender le...) (pour un individu (Le Wiktionnaire est un projet de dictionnaire libre et gratuit similaire à Wikipédia (tous deux...) donné et sur une période de 2 mois à 2 ans).
La diversité d’espèces du microbiote intestinal dominant est spécifique à chaque individu et le nombre d’espèces communes à plusieurs individus est très restreint (ou nul).
Trois groupes (ou phylas) dominent le microbiote humain ; les bacteroidetes, les firmicutes (Les Firmicutes (Firmus cutis : peau dure) sont des bactéries Gram +.) et les actinobacteria (Les actinomycètes (Actinobacteria Lynn Margulis, 1974) sont un groupe d'eubactéries...), mais il ne semble pas possible de définir un microbiote intestinal de l’espèce humaine par le profil d’espèces dominantes. En Europe (L’Europe est une région terrestre qui peut être considérée comme un...), les microbiote diffère selon les régions chez les enfants, mais est plus uniforme chez les adultes et après 70 ans, de nouvelles espèces apparaissent dans le microbiote, peut être en raison d'une diminution de l'immunité face aux infections.
En 2008, le séquençage (En biochimie, le séquençage consiste à déterminer l'ordre linéaire des...) du génome du microbiote a été entamé via le projet (Un projet est un engagement irréversible de résultat incertain, non reproductible a...) Projet « Métagénome », suivi en France par l'INRA.