Les projets financés par l’Opération pièces jaunes sont mis en œuvre dans 5 grands domaines d’action :
La Fondation Hôpitaux de Paris-Hôpitaux de France poursuit son engagement en faveur des adolescents en souffrance, avec son « programme adolescents » initié en 2004. Les subventions accordées grâce à Pièces jaunes permettent la construction ou l’aménagement d’espaces spécifiques au sein des hôpitaux proposant une approche globale et pluridisciplinaire de la santé des adolescents sur le même principe que la Maison de Solenn à Paris. Alliant notamment consultations médicales, prévention et suivi, ces structures sont dédiées aux jeunes souffrant par exemple de troubles du comportement, de dépressions, de troubles alimentaires ou de phobies scolaires.
Selon Le Canard enchaîné du 10 février 2006, les recettes drainées par le TGV ne seraient pas publiées en raison du large déficit de l'opération. Le journal critique également le manque de clarté des comptes publics de l'opération, qui ne publie qu'une seule page, qui comprenait en outre une erreur : les frais de fonctionnement ne s'élevaient, en 2004, non pas à 36,3 % mais 39,3 %. Les estimations évaluent les frais annuels à 2,4 millions d'euros.
L'Express du 27 avril 2006 publie un article intitulé « Les zones grises des pièces jaunes », par Elodie Sentenac et François Vignal. Cet article présente des informations tendant à contester la manière dont l'Opération pièces jaunes semble désormais gérée, d'autant que, d'après les journalistes de L'Express, « les tirelires sont devenues plus légères: après la récolte exceptionnelle de 2002 (15 millions d'euros) due à l'abandon du franc, la fondation recueillit 7,5 millions d'euros en 2003, 6 millions en 2004 et 5,2 millions en 2005 ». Le magazine de l’actualité économique Challenges publie le 26 novembre 2009 un article qui signale que « l'audit de la Cour des comptes sur la fondation Hôpitaux de Paris (FHP), entamé après des rumeurs de mauvaise gestion de l'Opération pièces jaunes de Bernadette Chirac, n'a décelé aucun problème » et précise que « le rapport a été réalisé par Axel Urgin, un magistrat encarté au PS ».
La Fondation Hôpitaux de Paris-Hôpitaux de France est contrôlée par le Comité de la Charte, organisme d'agrément et de contrôle des associations et fondations faisant appel à la générosité du public.