En 1549, sur l'ordre du pape Paul III qui répond à une demande du Duc Guillaume IV de Bavière, Pierre Canisius est envoyé avec Claude Le Jay et Alonso Salmeron en particulier pour enseigner à l'Université d'Ingolstadt en Bavière. De cette base pendant trente ans Pierre Canisius déploie dans le Saint-Empire son activité en faveur de l'Église catholique alors menacée par sa propre décadence et par l'influence grandissante de la réforme protestante soutenue par des princes qui y cherchent une plus grande autonomie politique.
Le 7 septembre 1549, il prononce ses vœux solemnels à Rome, entre les mains d'Ignace de Loyola. Puis, à Bologne, il se voit décerner le grade de docteur en théologie. En 1550, il est élu recteur de l'université d'Ingolstadt. Puis, en 1552 Ignace l'envoie au nouveau collège de Vienne; il prêche aussi à la cathédrale Saint Etienne et à la Cour de Ferdinand I. Il refuse plusieurs fois l'archevêché de Vienne malgré les demandes insistantes de Ferdinand auprès du pape Jules III.
Dans les années 1555-56, il enseigne dans plusieurs collèges de son ordre, et fonde ceux d'Ingolstadt et de Prague, d'Augsbourg, de Fribourg en Suisse.
En 1555, il participe à la Diète d'Augsbourg avec Ferdinand. Durant l'hiver 1556-57, il devient le conseiller du roi à la Diète de Ratisbone. Nommé par les princes catholiques et le pape, il prend part aux débats religieux à Worms. Champion de la cause Catholique, il s'oppose fréquemment à Melanchthon. Il réussit à désunir les protestants qui abandonnent les discussions.
En 1556, Ignace le nomme premier provincial de Haute-Allemagne (Souabe, Bavière, Bohême, Hongrie, Haute et Basse-Autriche).
Son neveu est Henri Canisius.