Une eau d'au moins 14 °C sera favorable à la pullulation de méduses. Le réchauffement général de l'océan de 1°C a généralisé ces pullulations. En eaux tropicales, les pullulations ont lieu toute l'année, notamment avec des espèces comme Linuche unguiculata, mais sont régulées par des espèces mangeuses de méduses.
En milieu portuaire et au pied des rejets d'eaux chaudes des centrales nucléaires, les éphyrules d'espèces comme Aurelia aurita peuvent bourgeonner toute l'année et sans arrêt, entrainant ainsi des pullulations. Lorsque ce phénomène touche les entrées des centrales nucléaires, les crépines d'aspiration risquent d'être colmatées.
Disparition des prédateurs
De nombreux animaux, notamment en Méditerranée, comme les tortues marines et les thons, principaux mangeurs de méduses, en disparaissant, favorisent les pullulations. Les thons et notamment les thons rouges (genre thunnus), sont actuellement victime d'une surpêche et leur disparition serait l'une des causes directes de la pullulations des méduses ; la disparition des tortues marines, grandes consommatrices de méduses, en serait aussi une des causes principales. En Espagne, on tente de réintroduire les tortues marines pour stopper les pullulations de Pelagia noctiluca. C'est, avec le réchauffement des eaux, une des raisons principales de la multiplication des Pelagia noctiluca en Méditerranée du nord.
La niche écologique délaissée par les poissons pélagiques est occupée par les méduses, qui se nourrissent de la même nourriture (Plancton, petit necton) et occupent le même milieu (Pleine eau). De plus, la surpêche concerne aussi des prédateurs, comme le thon rouge, dont la disparition partielle en Méditerranée encourage la multiplication de Pelagia noctiluca.
Les rejets d'œstradiol dans l'océan serait l'une des causes indirectes de la prolifération des méduses
Les rejets dans l'océan d'hormones -notamment l'œstradiol- contenues dans les médicaments pour le traitement de la ménopause et les contraceptifs -eux-mêmes contenus dans les urines humaines- entraineraient des mutations chez les poissons. Bien qu'en quantités très réduites, ces hormones, très puissantes, influenceraient le développement sexuel des poissons ; ce qui les rendrait, par modification hormonale, femelle. La perte des mâles empêcherait ainsi de plus en plus la reproduction de ces poissons. Cela risquerait d'encourager, par le déclin de ces populations piscicoles, la prolifération de méduses; qui, de par leur capacité de bourgeonnement et d'asexualité, ne craignent pas ces hormones. Ces dernières ne sont en effet pas filtrées par les stations d'épurations, n'étant pas initialement conçues pour retenir ce type de molécule.
Aurelia aurita, la méduse commune, que l'on trouve souvent en pullulation et qui est cosmopolite du monde entier. Néanmoins, elle n'est pas dangereuse pour l'homme et sa piqûre peut être ressentie de différentes façons, de symptômes nuls à une piqûre douloureuse.
Pelagia noctiluca, qui n'est pas dangereuse pour l'homme, mais dont la piqûre est relativement douloureuse. Cette espèce est assez encline à la pullulation -à la différence d'autres méduses, les œufs une fois fécondés deviennent directement des petits adultes, ce qui facilite la pullulation- notamment en Méditerranée où elle est considérée comme une véritable plaie. D'autres pullulations à travers le monde de cette espèce ont été signalées, notamment dans l'Atlantique, par exemple en Irlande et dans l'Uruguay.
Rhizostoma pulmo et Rhizostoma octopus, non dangereuse pour l'homme, pas ou peu urticante, causant tout au plus des rougeurs et quelques démangeaisons. Toutefois, elles peuvent être la cause de pullulations.
Nemopilema nomurai qui est devenue invasive au Japon, où elle se prennent par centaines dans les filets de pêche. Cette méduse pose problème depuis Août 2005, déchirants les filets, écrasant et intoxiquant les poissons capturés se trouvant en dessous d'elle -du fait de sa masse relativement importante- faisant ainsi perdre de la valeur commerciale aux prises.
Cyanea capillata que les pêcheurs de l'Atlantique nord prennent souvent par centaines dans leurs filets. De masse très importante, elle est accusée du même impact sur les prises de pêche que sa cousine nippone.
Velella velella que l'on voit souvent échouée sur les plages par centaines mais qui n'est ni urticante, ni dangereuse pour l'homme.
Linuche unguiculata, une petite espèce tropicale qui souvent peut former des bandes de plusieurs milliers d'individus, couvrant plus de 300 km2 et plusieurs mètres de profondeur. Les piqûres ne sont pas dangereuses, mais peuvent causer, notamment par les larves et les jeunes, des éruptions cutanées appelées seabather's eruption.