Les récepteurs nucléaires sont des protéines dont la taille varie classiquement entre 40 et 100 kilodaltons (kDa). Ils ont été subdivisés arbitrairement en 5 (ou 6) domaines (A, B, C, D, E (F)). Le domaine C, qui est le plus conservé au sein du groupe, est considéré comme la "signature" de la super-famille des récepteurs nucléaires. Il représente le domaine de liaison à l'ADN (ou DBD). Le domaine de liaison du ligand (ou LBD), se trouve au niveau du domaine E pour les ligands identifiés. On trouve également, surtout au niveau des domaines B et E, des surfaces d'interaction avec des régulateurs transcriptionnels que l'on appelle fonctions de transactivation (ou AFs pour activation functions').