Le Conseil d'administration du CNOUS et des CROUS était à l'origine paritaire : représentants de l'État et représentants des étudiants avaient le même poids.
En vertu de l'article 66 de la loi 2004-80 les conseils d'administrations du CROUS et du CNOUS sont composés :
Les élections au CNOUS sont un suffrage indirect, les élus CROUS forment une sorte de grands électeurs qui votent pour les élus CNOUS.
| Année | 1989 | 1991 | 1994 | 1996 | 1998 | 2000 | 2002 | 2004 | 2006 | 2008 | 2010 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| UNEF | - | - | - | - | - | - | 4 | 5 | 2 | 4 | 4 |
| UNEF-ID | 3 | 3 | 2 | 3 | 4 | 5 | - | - | - | - | - |
| UNEF-SE | 1 | 2 | 2 | 1 | 1 | 0 | - | - | - | - | - |
| FAGE | 1 | 2 | 2 | 3 | 1 | 1 | 2 | 1 | 4 | 2 | 3 |
| UNI -> MET | 2 | 2 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 |
| Fac Verte | - | - | - | - | - | - | - | 0 | 0¹ | 0 | 0 |
| PDE | - | - | - | - | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| Cé | - | - | - | - | - | - | - | - | 0 | 0 | 0 |
| CELF | 1 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - |
¹ Fac Verte a obtenu un élu suppléant suite à un accord avec la FAGE pendant la période 2006-2008.
La Fédération des associations générales étudiantes (Fage) remporte provisoirement 79 sièges sur les 182 sièges. De son côté, l'Unef, qui avait appelé au boycott du scrutin, a provisoirement chuté en passant de 89 à 36 sièges lors de ce scrutin. Cependant la plupart des élections dans les CROUS seront annulées par les tribunaux administratifs, de nouvelles élections furent organisées dans lesquels l'UNEF sort majoritaire. L'Union nationale inter-universitaire (UNI) progresse elle aussi et passe de 14 à 24 sièges. Promotion et défense des étudiants (PDE) baisse un peu, passant de 19 à 17 sièges.
Une liste FEDER (regroupant l'Union des étudiants juifs de France, Ni putes ni soumises et SOS Racisme) n'obtient que 2 sièges. Étudiants musulmans de France (EMF) passe de 2 à 5. Nouveaux venus, Fac Verte (écologistes) obtient 7 sièges. Sud étudiant passe de 2 à 1. Les listes diverses obtiennent 11 sièges.
Le mardi 30 mai 2006 s’est déroulé le dépouillement des élections au Centre national des œuvres universitaires et scolaires (CNOUS) renouvelant ainsi les 8 sièges du collège étudiant pour un mandat de deux ans.
| voix | élus | variation | |
|---|---|---|---|
| UNEF | 42 | 2 | -3 |
| FAGE | 84 | 4 | +3 |
| UNI | 33 | 1 | 0 |
| PDE | 23 | 1 | 0 |
Corroborant les manifestations contre la propositions de loi du Contrat première embauche (CPE), les élections CROUS de 2006 furent particulièrement mouvementées étant données les grands déchirements et la forte mobilisation des organisations étudiantes lors du mouvement anti-CPE.
L'UNEF avait, dès le 7 février 2006, appelé au blocage de certaines facultés (surtout à Rennes II d'où est parti le mouvement). Le mouvement de blocage s'est généralisé jusqu'au moment des élections en mars 2006, ce qui rendait impossible l'ouverture de très nombreux bureaux de vote pour les élections CROUS.
Le mouvement devenant massif, le blocage des universités mettait à mal les opportunités de l'UNEF pour les élections dans les sites qui lui sont favorables. En revanche, les autres listes candidates, notamment celles portées par la FAGE ou l'UNI gagnaient énormément dans cette situation, maintenant sur le terrain les bureaux de votes ouverts, en particulier dans leurs meilleurs "fiefs".
Dans presque toutes les régions universitaires en France, des troubles ont eu lieu dans les bureaux de vote. L'UNEF a porté plainte dans de nombreuses académies pour faire annuler ces élections.
Réaction de l'UNEF : "On a assisté avec effarement et désolation à une parodie de démocratie : les élections se sont tenues alors que plus de 60 universités représentant plus de la moitié du corps électoral sont en grève"
Réaction de la FAGE: "Ce ne sont pas des élections ordinaires, mais ce sont de vraies élections et les élus sont légitimes. Ne pas y participer aurait signifié nier le jeu démocratique".
Réaction de l'UNI: "Nous condamnons l’hypocrisie de l’UNEF qui, au printemps dernier, avaient appelé au boycott des élections aux CROUS et orchestré les blocages illégaux d’universités, avant de porter plainte devant les tribunaux administratifs sous prétexte que la participation avait chuté et que les conditions de vote n’étaient pas optimales. La faute à qui ! "
Les élections de 13 CROUS (sur 28) ont été annulées, et de nouvelles élections ont été organisées. Il s'agit des élections s'étant tenues dans les académies de Paris, Versailles, Poitiers, Lyon, Nancy-Metz, Dijon, Toulouse, Aix-Marseille, Bordeaux, Nice-Toulon, Clermont, Montpellier et Rennes. Le recours déposé au niveau national pour l'annulation des élections au CNOUS a finalement été rejeté par le Tribunal Administratif de Paris le 7 juin 2007.
À l'issue de ces élections, l'UNEF a obtenu le plus de voix dans les différents CROUS de France mais l'élection au CNOUS n'ayant pas été refaîtes la FAGE y maintient sa majorité, ceci jusqu'aux élections de 2008. Deux organisations se réclament donc comme première organisation représentative des étudiants : la FAGE selon les élections au CNOUS, l'UNEF selon les élections au CROUS et au CNESER.