SG-1 découvre P3X-797, une planète divisée en une terre d’ombre et une terre de lumière. La terre de lumière est peuplée par des humains semblables à ceux de l'âge du bronze, alors que la terre d’ombre est peuplée par des êtres primitifs et violents nommés les "atteints" qui attaquent les membres de SG-1.Rentrés sur Terre, ils se rendent compte qu'ils ont ramené un virus très contagieux avec eux. Bientôt toute la base va se retrouver affectée.
L'équipe SG-1 visite Simarka, une planète habitée par un peuple similaire aux Mongols et qui vit selon un code de loi très strict ; les femmes sont traitées comme des êtres inférieurs qu'on peut vendre comme de la vulgaire marchandise. Carter est enlevée pour être échangée contre une autre femme. Elle se bat alors pour prouver que les hommes ne sont pas supérieurs aux femmes.
En mission sur le monde désertique P3X-562, SG-1 découvre une vallée où sont entassés des cristaux cassés. Jack O'Neill touche le seul cristal intact et il reçoit une décharge électrique qui le rend inconscient. Après avoir repris connaissance, O'Neill découvre que SG-1 est reparti sans lui. C'est un autre O'Neill qui est rentré sur Terre.
L'équipe SG-9 est portée disparue, alors qu'elle était en mission sur une planète. SG-1 est envoyé pour les retrouver. Une fois sur la planète où SG-9 a disparu, ils découvrent que la population locale travaille comme des esclaves pour leur nouveau dieu. Ce dieu n'est autre que le Capitaine Jonas Hanson, le responsable de SG-9. Hanson était autrefois épris de Carter et il a toujours un faible pour elle. Carter profite de cette situation pour essayer de le ramener à la raison. De son côté, O'Neill se prépare à attaquer Hanson et ses hommes. Mais Daniel et Teal'c proposent un autre plan pour arrêter Hanson.
SG-1 explore Argos, une planète paradisiaque créé par le dieu Goa'uld nommé Pélops. Les habitants d'Argos vieillissent cependant à une vitesse très élevée et ils ne dépassent guère l'âge de 100 jours. O'Neill est séduit par Kynthia, une magnifique Argosienne. Mais sa relation n’est pas sans conséquences. Il est lui aussi victime du phénomène de vieillissement accéléré et il ne lui reste plus que quelques jours à vivre.