La rencontre avec les Aschen n'a jamais eu lieu depuis que SG-1 est parvenu à envoyer un message à travers la Porte des Étoiles lors d'une éruption solaire afin de remonter le temps (lors de l'épisode 16 de la saison 4) et plus précisément juste avant qu'ils n'explorent leur planète. Hélas, le message d'avertissement est parvenu sans aucune autre explication et le SGC de notre époque, ignorant que les Aschen constituent une menace, a juste retiré leur planète de la liste des planètes à explorer. SG-1 refera-t-il la même erreur ou se rendra-t-il compte plus vite du danger que représente les Aschen ?
La session d'entraînement de O'Neill avec de jeunes cadets de l'Air Force, postulants aux nouvelles équipes SG, est brutalement interrompue lorsque O'Neill apprend qu'il y a en ce moment une invasion extraterrestre au SGC.
Lorsque Martin Lloyd (voir l'épisode 11 de la saison 4) est engagé pour diriger un studio de télévision tournant une série télévisée avec un scénario ressemblant suspicieusement à celui de Stargate SG-1, O'Neill est chargé de s'assurer que la sécurité du programme Porte des Étoiles n'est pas compromise. Il s'agit d'un clin d'oeil à l'occasion du 100eme épisode.
Daniel Jackson est recruté par la Tok'ra pour aller clandestinement à une rencontre secrète entre les Grands Maîtres Goa'uld. Sa mission consiste à profiter de l'occasion pour répandre un gaz qui tuera tous les symbiotes, ce qui sonnera le glas des Grands Maîtres Goa'uld.
Après avoir abattu l'Al'kesh de Tannith, Teal'c franchit la Porte des Étoiles mais il demeure prisonnier dans la mémoire tampon du système. En effet, le crash de l'appareil a interrompu le vortex empêchant la rematérialisation de Teal'c. Le Docteur McKay fait son apparition dans la série en planchant avec Carter sur le moyen d'extraire Teal'c de sa prison. Pendant ce temps, O'Neill va devoir refaire équipe avec Maybourne afin d'extorquer des informations concernant les protocoles de la Porte au Goa'uld captif du N.I.D. ; enfin, Daniel demande l'aide de la Russie pour récupérer leur DHD avant que la mémoire tampon ne soit effacée lors de l'ouverture du prochain vortex.