O'Neill reste sur une planète pour secourir le lieutenant Tyler, le récent nouveau membre de SG-1. Sur Terre, Hammond prétend qu'il ne connait ni n'a jamais entendu parler de Tyler !
Après avoir quitté l'Unas que Daniel avait baptisé Chaka (voir l'épisode 8 de la saison 4), du matériel de surveillance est laissé sur place pour observer comment évoluent les Unas primitifs. Cependant, les vidéos indiquent que les habitants d'une autre planète auraient capturé Chaka afin de l'utiliser comme esclave. SG-1 compte se rendre sur la planète des ravisseurs pour libérer Chaka.
Lorsque Cassandra (voir l' épisode 15 de la saison 1), fille adoptive de Janet Fraiser, maintenant âgée de 16 ans, tombe soudainement malade et devient capable d'utiliser la télékinésie, SG-1 retourne vers Hanka, son monde natal, en essayant de trouver quelque chose qui pourrait l'aider. En effet, le rétrovirus qu'elle a contracté semble issu d'une expérience menée par la Goa'uld Nirrti.
Mystérieusement, les Tollans changent d'avis et proposent aux Terriens de leur fournir un canon à ion pour assurer la défense de leur planète. Ce revirement semble louche et il pourrait bien y avoir anguille sous roche.
Sur P2X-338, SG-1 fait équipe avec une escouade de la Porte des Étoiles russe pour rechercher des soldats perdus dans une mystérieuse ziggurat datant de plusieurs milliers d'années. Cette dernière serait le tombeau du Goa'uld Marduk de l'ancienne Babylone. Des tensions vont apparaître entre O'Neill et le chef de l'équipe Russe qui n'ont pas la même approche pour les missions.
Après l'enlèvement de Carter, le Colonel O'Neill est forcé de faire à nouveau équipe avec le Colonel Maybourne car toutes les preuves pointent vers le N.I.D.