De nos jours, le rôle de la station hertzienne de Pierre sur Haute est de relayer les communications interarmées, principalement en ce qui concerne le commandement des unités. Pour ce faire, elle est en liaison hertzienne permanente avec trois autres stations hertziennes similaires, celles de Lacaune-les-Bains, d'Henrichemont et de Brétigny, ces quatre stations réunies formant les stations de l'Axe Nord-Sud. Ainsi, si la force de dissuasion devait être utilisée, l'ordre de mise à feu pourrait transiter par la base de Pierre sur Haute. La station de Pierre sur Haute appartient à l'armée de l'air française et dépend de la Base Aérienne 942 de Lyon-Mont Verdun, située à 80 km du site.
Elle dépendait depuis la création du Commandement Air des Systèmes de Surveillance d’Information et de Communications (CASSIC) le 1er juin 1994 puis, depuis le 1er janvier 2006, de la Direction interarmées des réseaux d'infrastructure et des systèmes d'information (DIRISI) dont la direction centrale est stationnée au Fort du Kremlin-Bicêtre .